高通量微流控实时PCR在疾病生态学研究中的应用前景。

IF 3.7 1区环境科学与生态学 Q1 ECOLOGY

Journal of Animal Ecology Pub Date : 2025-06-27 DOI:10.1111/1365-2656.70088

Tristan Bralet, Rachid Aaziz, Jérémy Tornos, Amandine Gamble, Augustin Clessin, Mathilde Lejeune, Clémence Galon, Lorraine Michelet, Célia Lesage, Tiphaine Jeanniard du Dot, Guillaume Desoubeaux, Muriel Guyard, Sabine Delannoy, Sara Moutailler, Karine Laroucau, Thierry Boulinier

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摘要

在传染病分子生物学研究的最新进展中，微流控高通量实时聚合酶链反应（Htrt PCR）已成为检测宿主系统中多种感染原（IA）的有效一线工具。该技术允许通过实时PCR同时对大量样品进行数十种靶向IA的筛选。它代表了一种很有前途的疾病生态学工具。作为概念的证明，我们在这里介绍了微流控htt PCR系统的开发步骤和初步应用，用于检测一组野生脊椎动物中28种选定IA的DNA。我们将该方法应用于来自南大洋岛屿的274只海鸟和80只哺乳动物的497份样本（主要是粘膜拭子和尸检组织）。这种生态系统对疾病生态学和生物多样性保护特别感兴趣，因为繁殖菌落的宿主密度很高，病原体可能在其中或在其中迅速传播。随后使用二级实时或常规PCR系统和/或测序对每个PCR系统进行阳性样品确认。检测到14个目标IA。该方法可有效筛选已知海鸟病原体的宿主物种，包括多杀性巴氏杆菌（禽霍乱）（海鸟9.9%[6.6-14.0]，哺乳动物18.3%[9.5-30.4]）和荷兰丹毒丝虫（海鸟15%[11-19.8]，哺乳动物2.1%[0.4-6.1]）。在以前不知道它们的岛屿上发现它们引起了保护问题。在所有菌落（海鸟32.1%[26.6-38]，哺乳动物21.3%[12.9-31.8]，以及直肠和直肠拭子）中检测到以前不知道在系统中循环的IA的高流行率，特别是衣原体科。可以比较不同地点和寄主物种间目标昆虫的流行率和多样性，突出了该方法在探索昆虫群落动态驱动因素方面的有用性，同时也可以确定特定寄主作为潜在的流行病学哨兵或宿主。Htrt PCR是一种功能强大的多功能工具，可用于疾病生态学中探索寄主群落内IA群落的组成，也可用于解决多宿主、多病原体系统中其他重要的基础和应用问题。

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High-throughput microfluidic real-time PCR as a promising tool in disease ecology

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Journal of Animal Ecology 环境科学-动物学

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期刊介绍： Journal of Animal Ecology publishes the best original research on all aspects of animal ecology, ranging from the molecular to the ecosystem level. These may be field, laboratory and theoretical studies utilising terrestrial, freshwater or marine systems.