杨柏抗痴呆抑制棕榈酰蛋白硫酯酶1的计算研究。

IF 1.5 Q2 MEDICINE, GENERAL & INTERNAL

Journal of Taibah University Medical Sciences Pub Date : 2024-12-01 DOI:10.1016/j.jtumed.2024.12.005

Riyan A. Putera Irsal M.Si , Gusnia Meilin Gholam M.Si , Maheswari Alfira Dwicesaria M.Si , Tiyara F. Mansyah S.Si , Fernanda Chairunisa M.Si

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摘要

目标：痴呆症是一个日益受到全球关注的问题，影响着5500多万人，预计到2050年这一数字将上升至1.52亿。目前的药物针对的是阿尔茨海默病，这是一种最常见的痴呆症。本研究研究了中药植物刺柏（Juniperus phoenicea L.）作为与痴呆相关的酶棕榈酰蛋白硫酯酶1 （PPT1）的潜在抑制剂。方法：采用PDB ID: 1EH5对凤凰属植物化学物质进行硅对接。采用VINA计分法对YASARA结构进行了对接仿真。对排名靠前的配体进行ADMET分析（admetlab 2.0, Protox 3.0）和PASS生物活性预测。稳定性和反应性分析采用DFT计算（高斯09）和500 ns MD模拟（YASARA结构，AMBER 14力场）来评估蛋白质-配体复合物的稳定性。采用MM-PBSA计算结合自由能。结果：对接模拟结果表明，氨基黄酮（-9.6 kcal/mol）是最适合的，其次是铁丙二醇和槲皮素3- o -戊苷。与PPT1相互作用最多的是Amentoflavone（19）。在硅毒性分析中，预测丙烯黄酮和槲皮素3- o -戊苷是安全的，而铁二醇则违反了辉瑞公司的规定。PASS服务器显示槲皮素3- o -戊苷（0.423）比薄荷黄酮（0.287）在治疗痴呆方面的活性可能性更高。DFT计算显示，两种配体的电子性质相似，尽管阿门托黄酮显示出更有利的值。MD模拟表明，与加兰他明相比，阿门托黄酮在PPT1结合口袋中具有更好的结合稳定性。结论：鉴于PPT1是开发新的痴呆症药物的靶点，本计算机实验旨在从凤凰花植物化学物质中鉴定潜在的PPT1抑制剂。我们的发现确定了阿门托黄酮作为进一步研究的有希望的候选者。这些发现需要进一步的研究来验证这种化合物作为治疗痴呆的PPT1抑制剂的潜力。

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Computational exploration of palmitoyl-protein thioesterase 1 inhibition by Juniperus phoenicea L. for anti-dementia treatment

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