Rendement diagnostic du séquençage de génome à l’issue des examens fœtopathologiques : expérience toulousaine

De janvier 2021 à juin 2023, 51 dossiers de fœtus interrompus pour motif médical ayant bénéficié d’une description phénotypique précise par examen fœtopathologique ont été envoyés sur la plateforme AURAGEN pour le séquençage de génome. Nous avons obtenu 22 résultats, les 29 autres étant toujours en attente. Les dossiers urgents pour lesquels le délai de 3 mois annoncé par la plateforme était respecté pour tous, sauf un dossier pour lequel le délai a été de 10 mois. Pour les autres dossiers, le délai de rendu de résultat variait de 4 mois à plus de 24 mois avec un délai moyen de 6 mois. Sur les 22 résultats obtenus, nous avons eu 10 diagnostics positifs soit un rendement diagnostic de 45,5 %. La majorité des pré-indications concernait la pré-indication « anomalies du développement, syndromes malformatif et syndromes dysmorphiques sans déficience intellectuelle » (n = 41, 80,4 %). Les 10 autres dossiers ont été prescrits sur les pré-indications suivantes : les malformations cérébrales (n = 2, 3,9 %), les maladies osseuses constitutionnelles (n = 2, 3,9 %), les myopathies congénitales (n = 3, 5,9 %), les malformations cardiaques congénitales complexes (n = 2, 3,9 %), et les néphropathies chroniques (n = 1, 2 %). Près de 10 % (n = 5) de nos dossiers ont été envoyé en séquençage de génome comme examen de première intention. Parmi les dossiers, 66,7 % étaient envoyés sur la plateforme pour séquençage de génome en 2^e intention après réalisation d’une ACPA négative. De manière intéressante, pour un cas, le séquençage de génome avait pour but de retrouver un deuxième variant pathogène dans les régions introniques d’un gène responsable d’une pathologie de transmission autosomique récessive non couvertes par le panel initialement réalisé.

En conclusion, le rendement diagnostic du génome dans le cadre d’une pathologie fœtale après examen fœtopathologique est élevé. Il ouvre également des perspectives précieuses comme aide de découverte de nouveaux gènes responsables d’une pathologie fœtale.