里约热内卢分离的产碳青霉烯酶样本的基因组分析里约热内卢分离的产碳青霉烯酶样本的基因组分析

IF 3 4区医学 Q2 INFECTIOUS DISEASES

Brazilian Journal of Infectious Diseases Pub Date : 2024-11-01 DOI:10.1016/j.bjid.2024.104436

Luís Guilherme de Araújo Longo , Adriana Lúcia Pires Ferreira , Alessandra Fiuza Hoelz Alvarez , Káris Maria de Pinho Rodrigues , Beatriz Meurer Moreira

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O objetivo do estudo foi caracterizar amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases quanto aos clones que pertencem e aos genes e mutações que codificam resistência aos antimicrobianos.</div></div><div><h3>Materiais e métodos</h3><div>166 amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases foram obtidas de diversos espécimes clínicos de um hospital no Rio de Janeiro entre janeiro de 2014 e janeiro de 2017 (n = 105) e março a outubro de 2020 (n = 61). Estas foram enviadas para sequenciamento do genoma completo. A identificação de espécie, MLST e genes de resistência aos antimicrobianos foram determinadas através das ferramentas on-line disponibilizadas pelo Center for Genomic Epidemiology.</div></div><div><h3>Resultados</h3><div>Das 166 amostras do estudo 162 foram identificadas com K. pneumoniae, 3 como K. aerogenes e 1 como K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae. Observamos significativas mudanças clonais quando comparamos as amostras dos dois períodos (p < 0.005). Os dois STs mais frequentes em 2014-2017 (ST437 61% e ST340 11%) não foram observados no período de 2020, sendo substituídos pelo ST11 (46%), ST16 (26%) e ST258 (15%) no segundo período do estudo. Dentre os genes de resistência encontrados destacamos a presença das carbapenemases KPC-2 em 121 (73%) amostras, KPC-2 e OXA-370 em 22 (13%), OXA-370 em 11 (7%), KPC-2 e NDM-1 em 10 (6%) e NDM-1 em 2 (1%) e a ESBL CTX-M-15 em 86 (52%). Além destes, foi encontrada uma grande diversidade de genes conferindo resistência a aminoglicosídeos, trimetoprim, quinolonas, fenicóis, macrolídeos, tetraciclinas, fosfomicina, sulfonamidas e rifampicina e mutações conferindo resistência as polimixinas.</div></div><div><h3>Conclusões</h3><div>Observamos significativa mudança clonal entre os períodos estudados e uma grande diversidade de genes que codificam resistência aos antimicrobianos, ressaltando a importância da vigilância epidemiológica de amostras produtoras de carbapenemases.</div></div><div><h3>Palavras-chave</h3><div>Klebsiella, Klebsiella pneumoniae, Carbapenemases, KPC, OXA-48.</div></div><div><h3>Conflitos de interesse</h3><div>Não houve conflitos de interesse.</div></div><div><h3>Ética e financiamentos</h3><div>Aspectos éticos: Aprovado pelos Comitês de Ética em Pesquisa do HUCFF, CAAE 60433716.8.0000.5257, e da Sociedade de Ensino Superior Estácio de Sá, 39277320.5.0000. 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摘要

导言/目的克雷伯菌属样本，主要是肺炎克雷伯菌，是医疗相关感染和社区获得性侵袭性感染中最常见的病原体。肺炎克雷伯菌是多重耐药样本中最常见的微生物之一。近几十年来，对碳青霉烯类抗生素的耐药性不断增加，这与不利的临床结果、发病率和死亡率的增加、住院费用的增加、住院时间的延长以及替代性和更昂贵抗生素的使用有关。本研究旨在从产生碳青霉烯酶的克雷伯氏菌样本所属的克隆以及编码抗菌药耐药性的基因和突变的角度来描述其特征。这些样本被送去进行全基因组测序。结果在研究的 166 份样本中，162 份被鉴定为肺炎双球菌，3 份为产气双球菌，1 份为类肺炎双球菌亚种。在比较两个时期的样本时，我们观察到了明显的克隆变化（p < 0.005）。2014-2017 年最常见的两种 ST（ST437，61% 和 ST340，11%）在 2020 年期间没有出现，取而代之的是 ST11（46%）、ST16（26%）和 ST258（15%）。在发现的耐药基因中，我们重点发现 121 份样本（73%）中存在碳青霉烯酶 KPC-2，22 份样本（13%）中存在 KPC-2 和 OXA-370，11 份样本（7%）中存在 OXA-370，10 份样本（6%）中存在 KPC-2 和 NDM-1，2 份样本（1%）中存在 NDM-1，86 份样本（52%）中存在 ESBL CTX-M-15。除此之外，还发现了对氨基糖苷类、三甲氧苄啶、喹诺酮类、酚类、大环内酯类、四环素类、磷霉素、磺胺类和利福平产生耐药性的多种基因，以及对多粘菌素产生耐药性的突变基因。伦理和经费伦理方面：已获得HUCFF研究伦理委员会（CAAE 60433716.8.0000.5257）和Sociedade de Ensino Superior Estácio de Sá（39277320.5.0000）的批准。研究经费由 FAPERJ n.E-26/200.228/2022、INPRA/CNPq 465718/2014-0、CNPq 312205/2019-8 和 CAPES 001 提供。

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ANÁLISE GENÔMICA DE AMOSTRAS KLEBSIELLA SP. PRODUTORAS DE CARBAPENEMASES ISOLADAS NO RIO DE JANEIRO

Introdução/objetivos

Amostras do gênero Klebsiella, principalmente da espécie K. pneumoniae, estão os patógenos mais frequentes em infecções relacionadas à assistência em saúde e infecções invasivas adquiridas na comunidade. K. pneumoniae está entre os microrganismos mais frequentes entre amostras resistentes a múltiplas drogas. Nas últimas décadas, a resistência aos carbapenemas tem crescido, sendo associada a desfecho clínico desfavorável e aumento da morbidade e mortalidade, além do aumento dos custos de hospitalização, internações mais longas e do uso de antibióticos alternativos e mais caros. O objetivo do estudo foi caracterizar amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases quanto aos clones que pertencem e aos genes e mutações que codificam resistência aos antimicrobianos.

Materiais e métodos

166 amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases foram obtidas de diversos espécimes clínicos de um hospital no Rio de Janeiro entre janeiro de 2014 e janeiro de 2017 (n = 105) e março a outubro de 2020 (n = 61). Estas foram enviadas para sequenciamento do genoma completo. A identificação de espécie, MLST e genes de resistência aos antimicrobianos foram determinadas através das ferramentas on-line disponibilizadas pelo Center for Genomic Epidemiology.

Resultados

Das 166 amostras do estudo 162 foram identificadas com K. pneumoniae, 3 como K. aerogenes e 1 como K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae. Observamos significativas mudanças clonais quando comparamos as amostras dos dois períodos (p < 0.005). Os dois STs mais frequentes em 2014-2017 (ST437 61% e ST340 11%) não foram observados no período de 2020, sendo substituídos pelo ST11 (46%), ST16 (26%) e ST258 (15%) no segundo período do estudo. Dentre os genes de resistência encontrados destacamos a presença das carbapenemases KPC-2 em 121 (73%) amostras, KPC-2 e OXA-370 em 22 (13%), OXA-370 em 11 (7%), KPC-2 e NDM-1 em 10 (6%) e NDM-1 em 2 (1%) e a ESBL CTX-M-15 em 86 (52%). Além destes, foi encontrada uma grande diversidade de genes conferindo resistência a aminoglicosídeos, trimetoprim, quinolonas, fenicóis, macrolídeos, tetraciclinas, fosfomicina, sulfonamidas e rifampicina e mutações conferindo resistência as polimixinas.

Conclusões

Observamos significativa mudança clonal entre os períodos estudados e uma grande diversidade de genes que codificam resistência aos antimicrobianos, ressaltando a importância da vigilância epidemiológica de amostras produtoras de carbapenemases.

Palavras-chave

Klebsiella, Klebsiella pneumoniae, Carbapenemases, KPC, OXA-48.

Conflitos de interesse

Não houve conflitos de interesse.

Ética e financiamentos

Aspectos éticos: Aprovado pelos Comitês de Ética em Pesquisa do HUCFF, CAAE 60433716.8.0000.5257, e da Sociedade de Ensino Superior Estácio de Sá, 39277320.5.0000. Estudo financiado por FAPERJ n.E-26/200.228/2022, INPRA/CNPq 465718/2014-0, CNPq 312205/2019-8 e CAPES 001.

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Brazilian Journal of Infectious Diseases 医学-传染病学

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期刊介绍： The Brazilian Journal of Infectious Diseases is the official publication of the Brazilian Society of Infectious Diseases (SBI). It aims to publish relevant articles in the broadest sense on all aspects of microbiology, infectious diseases and immune response to infectious agents. The BJID is a bimonthly publication and one of the most influential journals in its field in Brazil and Latin America with a high impact factor, since its inception it has garnered a growing share of the publishing market.