Genetic analysis of metastatic versus nonmetastatic conjunctival melanoma using a cutaneous melanoma gene expression panel

Objective

Conjunctival melanoma (CJM) is a rare subtype of mucosal melanomas. Despite an increasing understanding of CJM genetics, predicting patient prognosis remains challenging. Here we sought to see if a 31-gene expression profile (31-GEP) test (i.e., DecisionDx-Melanoma) originally developed and validated for cutaneous melanoma (CM) could be useful in the prognostication of patients with CJM.

Design/Participants

We performed a single-center retrospective review and gene expression profiling of 10 patients with CJM.

Methods

Deidentified archived samples of each primary tumor were sent to Castle Biosciences, where 31-GEP testing was performed. Patients were followed until death or a minimum of 5 years postexcision and monitored for tumor recurrence or metastatic spread. Mean fold change in individual gene expression was compared between nonmetastatic and metastatic groups via independent t-tests.

Results

Fifty percent of patients developed metastatic disease and had reduced overall survival (3.6 vs 9.3 months; p = 0.018). In 4 of 10 patients, two nonmetastatic and two metastatic, tumor samples passed Castle Biosciences quality control allowing for class designation. All metastatic patients and one nonmetastatic patient were designated as class 2B. The final nonmetastatic patient was designated as class 1B. In individual gene analysis, BAP1 expression was significantly reduced in the metastatic group (p = 0.03).

Conclusions

In assessing if a CM gene expression panel could aid in the risk stratification of patients with CJM, we found that the uveal melanoma-relevant gene, BAP1, may be important. Additional studies with larger sample sizes are needed to determine the relevance of this and other differentially expressed genes in CJM prognostication.

Objectif

Le mélanome de la conjonctive (MCJ) est une forme rare de mélanome de la muqueuse. Bien que l’on comprenne de mieux en mieux la génétique du MCJ, il demeure difficile d’établir un pronostic. Nous avons donc vérifié si le test du profil d'expression de 31 gènes (31-GEP) de DecisionDx-Melanoma, qui avait été créé et validé pour le mélanome cutané (MC), pouvait être utile dans l’établissement du pronostic des patients présentant un MCJ.

Nature/Participants

Il s’agit d’une revue de synthèse rétrospective réalisée dans un établissement unique portant sur le profilage d’expression génique de 10 patients atteints d’un MCJ.

Méthodes

Des échantillons archivés et dépersonnalisés de chacune des tumeurs primaires ont été envoyés au laboratoire Castle Biosciences, où a eu lieu le test du 31-GEP. Les patients ont été suivis jusqu’à leur décès ou pendant au moins 5 ans après l’excision. Ils ont également fait l’objet d’une surveillance de la récurrence tumorale ou de l’apparition de métastases. Le changement de plis (fold change) moyen de l’expression génique individuelle a été comparé entre les groupes exempts de métastases et porteurs de métastases grâce à des tests t indépendants.

Résultats

Ainsi, 50 % des patients ont présenté des métastases, et leur survie globale a été moindre (3,6 vs 9,3 mois; p = 0,018). Les échantillons tumoraux de 4 patients (dont 2 étaient exempts et les 2 autres, porteurs de métastases) répondaient aux normes de contrôle de la qualité de Castle Biosciences, ce qui a permis d’en désigner la classe. On a attribué la classe 2B à tous les porteurs de métastases et à 1 seul patient exempt de métastases. Le dernier patient sans métastases s’est vu attribuer la classe 1B. Lors de l’analyse génique individuelle, l’expression de BAP1 était significativement réduite au sein du groupe porteur de métastases (p = 0,03).

Conclusions

En vérifiant si le profilage d’expression génique du MC pouvait servir à stratifier le risque chez les patients atteints d’un MCJ, nous avons découvert qu’un gène pertinent dans le mélanome de l’uvée, BAP1, pouvait jouer un rôle important. D’autres études de plus vaste envergure s’imposent pour confirmer la pertinence de ce gène et d’autres gènes différentiellement exprimés dans l’établissement du pronostic du MCJ.