硝唑尼特和 Arbidol 作为 SARS-CoV-2 抗病毒药对抗 NSP5(7BQY 和 2GZ7)和 ACE2(3D0G 和 1R4L)受体的潜力

Ami Fini Faqiha, Yen Yen Ari Indrawijaya, Arief Suryadinata, Muhammad Amiruddin, Roihatul Mutiah
{"title":"硝唑尼特和 Arbidol 作为 SARS-CoV-2 抗病毒药对抗 NSP5(7BQY 和 2GZ7)和 ACE2(3D0G 和 1R4L)受体的潜力","authors":"Ami Fini Faqiha, Yen Yen Ari Indrawijaya, Arief Suryadinata, Muhammad Amiruddin, Roihatul Mutiah","doi":"10.22146/jfps.3393","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Nitazoxanide merupakan obat pro-drug untuk tizoxanide. Obat tersebut diketahui memiliki aktivitas antivirus pada MERS-CoV. Arbidol memiliki aktivitas antivirus pada H3N2 HA yang memiliki kesamaan struktur dengan SARS-CoV-2. Reseptor target spesifik untuk obat-obat Anti SARS-CoV-2 saat ini adalah NSP5 (Nonstructural protein) dan ACE2 (Angiotensin-converting enzyme 2). NSP5 memediasi replikasi dan transkripsi protein-protein virus sedangkan ACE2 sebagai fasilitator transport asam amino dan reseptor tempat terikatnya SARS-CoV maupun SARS-CoV-2. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas antivirus SARS-CoV-2 dari senyawa Nitazoxanide dan Arbidol secara in silico. Senyawa Nitazoxanide dan Arbidol dipreparasi terlebih dahulu dengan melakukan pengunduhan kode PDB ID, penyiapan struktur 2D dan 3D, penentuan minimal energy, pembuatan kode SMILES serta prediksi sifat fisikokimia dan toksisitas. Setelah dipreparasi, dilanjutkan proses penambatan molekul menggunakan aplikasi PyRx-Vina®. Hasil docking dianalisis dengan perangkat lunak PyMOL® dan Discovery Studio Visualizer®. Hasil profil fisikokimia menunjukkan bahwa senyawa Arbidol dan Nitazoxanide telah memenuhi hukum Lima Lipinski dan masing-masing memiliki nilai LD50 sebesar 1350 mg/kg dan 340 mg/kg. Hasil penambatan senyawa uji dengan reseptor menghasilkan interaksi yaitu ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan interaksi elektrostatik. Interaksi Nitazoxanide pada reseptor 2GZ7 serta Arbidol pada reseptor 3D0G dan 1R4L menunjukkan perbedaan yang signifikan masing-masing terhadap Lopinavir dan Chloroquine dengan nilai p < 0.05, sehingga senyawa tersebut diprediksi memiliki potensi antivirus lebih baik.","PeriodicalId":314392,"journal":{"name":"Journal of Food and Pharmaceutical Sciences","volume":"114 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-03-26","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Potensi Senyawa Nitazoxanide dan Arbidol sebagai Antivirus SARS-CoV-2 terhadap Reseptor NSP5 (7BQY dan 2GZ7) dan ACE2 (3D0G dan 1R4L)\",\"authors\":\"Ami Fini Faqiha, Yen Yen Ari Indrawijaya, Arief Suryadinata, Muhammad Amiruddin, Roihatul Mutiah\",\"doi\":\"10.22146/jfps.3393\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Nitazoxanide merupakan obat pro-drug untuk tizoxanide. Obat tersebut diketahui memiliki aktivitas antivirus pada MERS-CoV. Arbidol memiliki aktivitas antivirus pada H3N2 HA yang memiliki kesamaan struktur dengan SARS-CoV-2. Reseptor target spesifik untuk obat-obat Anti SARS-CoV-2 saat ini adalah NSP5 (Nonstructural protein) dan ACE2 (Angiotensin-converting enzyme 2). NSP5 memediasi replikasi dan transkripsi protein-protein virus sedangkan ACE2 sebagai fasilitator transport asam amino dan reseptor tempat terikatnya SARS-CoV maupun SARS-CoV-2. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas antivirus SARS-CoV-2 dari senyawa Nitazoxanide dan Arbidol secara in silico. Senyawa Nitazoxanide dan Arbidol dipreparasi terlebih dahulu dengan melakukan pengunduhan kode PDB ID, penyiapan struktur 2D dan 3D, penentuan minimal energy, pembuatan kode SMILES serta prediksi sifat fisikokimia dan toksisitas. Setelah dipreparasi, dilanjutkan proses penambatan molekul menggunakan aplikasi PyRx-Vina®. Hasil docking dianalisis dengan perangkat lunak PyMOL® dan Discovery Studio Visualizer®. Hasil profil fisikokimia menunjukkan bahwa senyawa Arbidol dan Nitazoxanide telah memenuhi hukum Lima Lipinski dan masing-masing memiliki nilai LD50 sebesar 1350 mg/kg dan 340 mg/kg. Hasil penambatan senyawa uji dengan reseptor menghasilkan interaksi yaitu ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan interaksi elektrostatik. Interaksi Nitazoxanide pada reseptor 2GZ7 serta Arbidol pada reseptor 3D0G dan 1R4L menunjukkan perbedaan yang signifikan masing-masing terhadap Lopinavir dan Chloroquine dengan nilai p < 0.05, sehingga senyawa tersebut diprediksi memiliki potensi antivirus lebih baik.\",\"PeriodicalId\":314392,\"journal\":{\"name\":\"Journal of Food and Pharmaceutical Sciences\",\"volume\":\"114 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2022-03-26\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Journal of Food and Pharmaceutical Sciences\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.22146/jfps.3393\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Journal of Food and Pharmaceutical Sciences","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.22146/jfps.3393","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

Nitazoxanide是一种对tizoxanide的药物。该药物在MERS-CoV中具有抗病毒活性。Arbidol在H3N2 HA有抗病毒活性,该组织与SARS-CoV-2的结构相似。针对抗菌素2药物的特定目标感受器是NSP5(蛋白质不活跃)和ACE2(血管转换术enzyme 2), NSP5分解病毒蛋白的复制和转录,而ACE2作为氨基酸传导器和受体将其与SARS-CoV和SARS-CoV-2结合。本研究的目的是确定二硝唑化合物和二硝基苯的抗病毒活性。Nitazoxanide和Arbidol是通过下载gdp ID代码、设置2D和3D结构、微分能源、创造微笑代码以及物理化学和毒性预测来制成的。dipreparasi后,继续确保应用程序使用分子过程PyRx-Vina®。用软件对接分析结果PyMOL®和探索Visualizer工作室®。生理学分析表明,Arbidol和Nitazoxanide的化合物符合五种利平斯基法,每一种LD50为1350毫克/kg, 340毫克/kg。受体化合物的增强结果产生了氢键、氢游离和静电相互作用。Nitazoxanide在受体2GZ7和受体3D0G和1R4L中的Arbidol在p < 0.05中表现出明显的差异,因此该化合物预测有更好的抗病毒潜力。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
Potensi Senyawa Nitazoxanide dan Arbidol sebagai Antivirus SARS-CoV-2 terhadap Reseptor NSP5 (7BQY dan 2GZ7) dan ACE2 (3D0G dan 1R4L)
Nitazoxanide merupakan obat pro-drug untuk tizoxanide. Obat tersebut diketahui memiliki aktivitas antivirus pada MERS-CoV. Arbidol memiliki aktivitas antivirus pada H3N2 HA yang memiliki kesamaan struktur dengan SARS-CoV-2. Reseptor target spesifik untuk obat-obat Anti SARS-CoV-2 saat ini adalah NSP5 (Nonstructural protein) dan ACE2 (Angiotensin-converting enzyme 2). NSP5 memediasi replikasi dan transkripsi protein-protein virus sedangkan ACE2 sebagai fasilitator transport asam amino dan reseptor tempat terikatnya SARS-CoV maupun SARS-CoV-2. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas antivirus SARS-CoV-2 dari senyawa Nitazoxanide dan Arbidol secara in silico. Senyawa Nitazoxanide dan Arbidol dipreparasi terlebih dahulu dengan melakukan pengunduhan kode PDB ID, penyiapan struktur 2D dan 3D, penentuan minimal energy, pembuatan kode SMILES serta prediksi sifat fisikokimia dan toksisitas. Setelah dipreparasi, dilanjutkan proses penambatan molekul menggunakan aplikasi PyRx-Vina®. Hasil docking dianalisis dengan perangkat lunak PyMOL® dan Discovery Studio Visualizer®. Hasil profil fisikokimia menunjukkan bahwa senyawa Arbidol dan Nitazoxanide telah memenuhi hukum Lima Lipinski dan masing-masing memiliki nilai LD50 sebesar 1350 mg/kg dan 340 mg/kg. Hasil penambatan senyawa uji dengan reseptor menghasilkan interaksi yaitu ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan interaksi elektrostatik. Interaksi Nitazoxanide pada reseptor 2GZ7 serta Arbidol pada reseptor 3D0G dan 1R4L menunjukkan perbedaan yang signifikan masing-masing terhadap Lopinavir dan Chloroquine dengan nilai p < 0.05, sehingga senyawa tersebut diprediksi memiliki potensi antivirus lebih baik.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术官方微信