{"title":"测试二氧化硅活性化合物对抗糖尿病阿尔法葡萄糖酶的衍生物","authors":"Syifa Prahayati, Bertha Rusdi","doi":"10.29313/jrf.v3i1.2343","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Abstract. Alpha glucosidase enzyme is one of the treatment targets for diabetes mellitus. Coumarin compounds contained in the avocado plant (Persea americana Mill.). known to have antidiabetic effects in vitro. These compounds are thought to have antidiabetic effects in vitro. This compound is thought to have an antidiabetic effect by inhibiting the alpha glucosidase enzyme, but this hypothesis has not been proven. Therefore, this study tested coumarin compounds and their derivatives, namely umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, and edgeworoside c, against the alpha-glucosidase enzyme receptor using molecular docking. in silico. This study aims to determine the physicochemical parameters, affinity, and toxicity of compounds with the most potential as antidiabetics. Parameters carried out identified the physicochemical properties of the test compounds using SwissADME software and Scibio-iitd.res.in. Then macromolecular preparation was carried out using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. Next, the docking method was validated and the docking method simulated using the MGLTools 1.5.6 software with AutoDock Tools 4.2. The results obtained using molecular docking were then visualized using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. The toxicity test was carried out using Toxtree version 3.1.0. The physico-chemical parameters show that the lipophilicity, molecular weight, molar reactivity, and hydrogen bonds show that coumarin compounds and their derivatives meet the requirements of Lipinski's Rule of Five, which means that these compounds are predicted to be absorbed and can bind to target receptors. The results of molecular docking of coumarin compounds and their derivatives have an affinity for alpha glucosidase receptors. The compound that has the best affinity is edgeworoside c with a bond free energy value of -8.91 kcal/mol and an inhibition constant of 0.29255 μmolar. The toxicity results obtained were that all the tested compounds were included in the toxicity class III, which means that at high concentrations safety in use is not guaranteed. Then all coumarin test compounds and their derivatives were neither carcinogenic nor mutagenic. \nAbstrak. Enzim alfa glukosidase adalah salah satu target pengobatan diabetes mellitus. Senyawa Kumarin yang terkandung dalam tanaman alpukat (Persea americana Mill.). diketahuo memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes dengan menghambat enzim alfa glukosidase, namun hipotesa ini belum dibuktikan. Maka, penelitian ini dilakukan pengujian senyawa kumarin dan turunannya yaitu senyawa umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, dan edgeworoside c, terhadap reseptor ezim alfa gkukosidase dengan menggunakan molecular docking secara in silico. Peneltian ini bertujuan untuk mengetahui parameter fisikokimia, afinitas, dan toksisitas senyawa yang paling berpotensi sebagai antidiabetes. Parameter yang dilakukan mengidentifikasi sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan software SwissADME dan Scibio-iitd.res.in. kemudian dilakukan Preparasi makromolekul menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Selanjutnya, dilakukan validasi metode docking dan simulasi metode docking dengan software MGLTools 1.5.6 dengan AutoDock Tools 4.2. Hasil yang diperoleh menggunakan molecular docking kemudian divisualisasikan dengan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Uji toksisitas dilakukan menggunakan Toxtree versi 3.1.0. Pada parameter fisiko kimia menunjukan bahwa lipofilisitas, berat molekul, reaktivitas molar, dan ikatan hidrogen bahwa senyawa kumarin dan turunanya memenuhi persyaratan Lipinski’s Rule of Five yang artinya senyawa tersebut diprediksi dapat diabsorpsi dan dapat berikatan dengan reseptor target. Hasil penambatan molekular dari senyawa kumarin dan turunannya memiliki afinitas terhadap reseptor alfa glukosidase. Senyawa yang memiliki afinitas paling baik yaitu senyawa edgeworoside c dengan nilai energi bebas ikatan -8,91 kkal/mol dan konstanta inhibisi 0,29255 μmolar. Hasil toksisitas yang diperoleh adalah seluruh senyawa uji termasuk ke dalam toksisitas kelas III yang artinya pada konsentrasi yang tinggi tidak dijamin keamanan dalam penggunaannya. Kemudian seluruh senyawa uji kumarin dan turunnya tidak bersifat karsinogenik maupun mutagenik. \n ","PeriodicalId":254582,"journal":{"name":"Jurnal Riset Farmasi","volume":"108 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-07-21","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Uji In Silico Aktivitas Senyawa Kumarin Turunannya Terhadap Enzim Alfa Glukosidase Antidiabetes\",\"authors\":\"Syifa Prahayati, Bertha Rusdi\",\"doi\":\"10.29313/jrf.v3i1.2343\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Abstract. Alpha glucosidase enzyme is one of the treatment targets for diabetes mellitus. Coumarin compounds contained in the avocado plant (Persea americana Mill.). known to have antidiabetic effects in vitro. These compounds are thought to have antidiabetic effects in vitro. This compound is thought to have an antidiabetic effect by inhibiting the alpha glucosidase enzyme, but this hypothesis has not been proven. Therefore, this study tested coumarin compounds and their derivatives, namely umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, and edgeworoside c, against the alpha-glucosidase enzyme receptor using molecular docking. in silico. This study aims to determine the physicochemical parameters, affinity, and toxicity of compounds with the most potential as antidiabetics. Parameters carried out identified the physicochemical properties of the test compounds using SwissADME software and Scibio-iitd.res.in. Then macromolecular preparation was carried out using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. Next, the docking method was validated and the docking method simulated using the MGLTools 1.5.6 software with AutoDock Tools 4.2. The results obtained using molecular docking were then visualized using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. The toxicity test was carried out using Toxtree version 3.1.0. The physico-chemical parameters show that the lipophilicity, molecular weight, molar reactivity, and hydrogen bonds show that coumarin compounds and their derivatives meet the requirements of Lipinski's Rule of Five, which means that these compounds are predicted to be absorbed and can bind to target receptors. The results of molecular docking of coumarin compounds and their derivatives have an affinity for alpha glucosidase receptors. The compound that has the best affinity is edgeworoside c with a bond free energy value of -8.91 kcal/mol and an inhibition constant of 0.29255 μmolar. The toxicity results obtained were that all the tested compounds were included in the toxicity class III, which means that at high concentrations safety in use is not guaranteed. Then all coumarin test compounds and their derivatives were neither carcinogenic nor mutagenic. \\nAbstrak. Enzim alfa glukosidase adalah salah satu target pengobatan diabetes mellitus. Senyawa Kumarin yang terkandung dalam tanaman alpukat (Persea americana Mill.). diketahuo memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes dengan menghambat enzim alfa glukosidase, namun hipotesa ini belum dibuktikan. Maka, penelitian ini dilakukan pengujian senyawa kumarin dan turunannya yaitu senyawa umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, dan edgeworoside c, terhadap reseptor ezim alfa gkukosidase dengan menggunakan molecular docking secara in silico. Peneltian ini bertujuan untuk mengetahui parameter fisikokimia, afinitas, dan toksisitas senyawa yang paling berpotensi sebagai antidiabetes. Parameter yang dilakukan mengidentifikasi sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan software SwissADME dan Scibio-iitd.res.in. kemudian dilakukan Preparasi makromolekul menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Selanjutnya, dilakukan validasi metode docking dan simulasi metode docking dengan software MGLTools 1.5.6 dengan AutoDock Tools 4.2. Hasil yang diperoleh menggunakan molecular docking kemudian divisualisasikan dengan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Uji toksisitas dilakukan menggunakan Toxtree versi 3.1.0. Pada parameter fisiko kimia menunjukan bahwa lipofilisitas, berat molekul, reaktivitas molar, dan ikatan hidrogen bahwa senyawa kumarin dan turunanya memenuhi persyaratan Lipinski’s Rule of Five yang artinya senyawa tersebut diprediksi dapat diabsorpsi dan dapat berikatan dengan reseptor target. Hasil penambatan molekular dari senyawa kumarin dan turunannya memiliki afinitas terhadap reseptor alfa glukosidase. Senyawa yang memiliki afinitas paling baik yaitu senyawa edgeworoside c dengan nilai energi bebas ikatan -8,91 kkal/mol dan konstanta inhibisi 0,29255 μmolar. Hasil toksisitas yang diperoleh adalah seluruh senyawa uji termasuk ke dalam toksisitas kelas III yang artinya pada konsentrasi yang tinggi tidak dijamin keamanan dalam penggunaannya. Kemudian seluruh senyawa uji kumarin dan turunnya tidak bersifat karsinogenik maupun mutagenik. \\n \",\"PeriodicalId\":254582,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Riset Farmasi\",\"volume\":\"108 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2023-07-21\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Riset Farmasi\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.29313/jrf.v3i1.2343\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Riset Farmasi","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.29313/jrf.v3i1.2343","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
摘要
摘要葡萄糖苷酶是糖尿病的治疗靶点之一。牛油果植物(Persea americana Mill.)中含有香豆素化合物。已知在体外有抗糖尿病作用。这些化合物被认为在体外具有抗糖尿病作用。这种化合物被认为通过抑制α葡萄糖苷酶具有抗糖尿病作用,但这一假设尚未得到证实。因此,本研究采用分子对接的方法检测香豆素化合物及其衍生物,即伞形花酮、东莨菪素、东莨菪素、黄曲霉素、esculin、蛇床子素、补骨脂素、芦毛素、脱草醇、脱草苷、苦参苷、苦参苷c对α -葡萄糖苷酶受体的作用。在网上。本研究旨在确定最有可能作为抗糖尿病药物的化合物的物理化学参数、亲和力和毒性。采用SwissADME软件和scibio - iitit .res.in进行参数鉴定。然后使用BIOVIA Discovery Studio 2021软件进行大分子制备。然后,利用MGLTools 1.5.6软件和AutoDock Tools 4.2对对接方法进行验证和仿真。然后使用BIOVIA Discovery Studio 2021软件将分子对接获得的结果可视化。毒力试验采用Toxtree 3.1.0版本。理化参数表明,香豆素化合物及其衍生物的亲脂性、分子量、摩尔反应性和氢键均符合Lipinski's Rule of Five的要求,这意味着这些化合物可以被吸收并与目标受体结合。香豆素化合物及其衍生物的分子对接结果对α -葡萄糖苷酶受体具有亲和力。具有最佳亲和力的化合物是边草苷c,其键自由能值为-8.91 kcal/mol,抑制常数为0.29255 μmol。毒性检测结果为所有检测化合物均属于毒性III类,高浓度下使用安全性不保证。然后所有香豆素测试化合物及其衍生物既不致癌也不致突变。Abstrak。葡糖苷酶adalah salah的作用是治疗糖尿病。Senyawa Kumarin yang terkandung dalam tanaman alpukat(波斯美洲磨坊)。双克他活健美剂的体外抗糖尿病作用。Senyawa ini diperkirakan memiliki对体外抗糖尿病的作用。抗糖尿病酶、糖苷酶、糖苷酶、糖苷酶。Maka, penelitian ini dilakukan企鹅,senyawa kumarin, turunannya, senyawa umbelliferone, scopion, scopetin, fraxetin, esculin, osthol,补骨脂素,rutamin, decursinol, decursidin, edgeworin, dangewor苷c, terhadap retor ezim - algkukosidase, dengan menggunakan分子对接secara。Peneltian ini bertujuan untuk mengetahui parameter fisikokimia, afinitas, dantoksisitas senyawa yang palinbet电位sebagai抗糖尿病。参数yang dilakkan mengidentifikasi sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan软件SwissADME dan scibioi .res.in。BIOVIA Discovery Studio 2021。Selanjutnya, dilakukan验证方法对接和模拟方法对接的登根软件MGLTools 1.5.6登根AutoDock Tools 4.2。哈西尔·杨diperoleh menggunakan分子对接kemudian divisualisasikan登安menggunakan软件BIOVIA Discovery Studio 2021。Uji toksisitas dilakukan menggunakan Toxtree version 3.1.0。Pada参数fisiko kimia menunjukan bahwa lipofilisitas, berat molecular, reaktivitas molar, danikatan hydrorogen bahwa senyawa kumarin danturunanya memenuhi persyatski’s Rule of Five yang, artinya senyawa tersebut diprediksi dapat diabsorppsi dandapat berikatan dengan regitor target。Hasil penambatan分子达senyawa kumarin和turunannya memoriliki afhahator α葡糖苷酶。杨Senyawa memiliki afinitas木栅baik yaitu Senyawa edgeworoside c dengan汝energi贝巴ikatan 8, 91 kkal /摩尔丹konstanta inhibisi 0, 29255μmol / l。哈西尔托克西西塔斯杨diperoleh adalah seluruh senyawa uji termasuk ke dalam tok西西塔斯kelas III yang artinya pada konsentrasi dijamin keamanan dalam penggunaannya。Kemudian seluruh senyawa uji kumarin danturunnya tidak bersifat karsingenik maupun mutagenik。
Uji In Silico Aktivitas Senyawa Kumarin Turunannya Terhadap Enzim Alfa Glukosidase Antidiabetes
Abstract. Alpha glucosidase enzyme is one of the treatment targets for diabetes mellitus. Coumarin compounds contained in the avocado plant (Persea americana Mill.). known to have antidiabetic effects in vitro. These compounds are thought to have antidiabetic effects in vitro. This compound is thought to have an antidiabetic effect by inhibiting the alpha glucosidase enzyme, but this hypothesis has not been proven. Therefore, this study tested coumarin compounds and their derivatives, namely umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, and edgeworoside c, against the alpha-glucosidase enzyme receptor using molecular docking. in silico. This study aims to determine the physicochemical parameters, affinity, and toxicity of compounds with the most potential as antidiabetics. Parameters carried out identified the physicochemical properties of the test compounds using SwissADME software and Scibio-iitd.res.in. Then macromolecular preparation was carried out using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. Next, the docking method was validated and the docking method simulated using the MGLTools 1.5.6 software with AutoDock Tools 4.2. The results obtained using molecular docking were then visualized using the BIOVIA Discovery Studio 2021 software. The toxicity test was carried out using Toxtree version 3.1.0. The physico-chemical parameters show that the lipophilicity, molecular weight, molar reactivity, and hydrogen bonds show that coumarin compounds and their derivatives meet the requirements of Lipinski's Rule of Five, which means that these compounds are predicted to be absorbed and can bind to target receptors. The results of molecular docking of coumarin compounds and their derivatives have an affinity for alpha glucosidase receptors. The compound that has the best affinity is edgeworoside c with a bond free energy value of -8.91 kcal/mol and an inhibition constant of 0.29255 μmolar. The toxicity results obtained were that all the tested compounds were included in the toxicity class III, which means that at high concentrations safety in use is not guaranteed. Then all coumarin test compounds and their derivatives were neither carcinogenic nor mutagenic.
Abstrak. Enzim alfa glukosidase adalah salah satu target pengobatan diabetes mellitus. Senyawa Kumarin yang terkandung dalam tanaman alpukat (Persea americana Mill.). diketahuo memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes secara in vitro. Senyawa ini diperkirakan memiliki efek antidiabetes dengan menghambat enzim alfa glukosidase, namun hipotesa ini belum dibuktikan. Maka, penelitian ini dilakukan pengujian senyawa kumarin dan turunannya yaitu senyawa umbelliferone, scoparon, scopaletin, fraxetin, esculin, osthole, psoralen, rutamarin, decursinol, decursidin, edgeworin, daphnoretin, dan edgeworoside c, terhadap reseptor ezim alfa gkukosidase dengan menggunakan molecular docking secara in silico. Peneltian ini bertujuan untuk mengetahui parameter fisikokimia, afinitas, dan toksisitas senyawa yang paling berpotensi sebagai antidiabetes. Parameter yang dilakukan mengidentifikasi sifat fisikokimia senyawa uji menggunakan software SwissADME dan Scibio-iitd.res.in. kemudian dilakukan Preparasi makromolekul menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Selanjutnya, dilakukan validasi metode docking dan simulasi metode docking dengan software MGLTools 1.5.6 dengan AutoDock Tools 4.2. Hasil yang diperoleh menggunakan molecular docking kemudian divisualisasikan dengan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2021. Uji toksisitas dilakukan menggunakan Toxtree versi 3.1.0. Pada parameter fisiko kimia menunjukan bahwa lipofilisitas, berat molekul, reaktivitas molar, dan ikatan hidrogen bahwa senyawa kumarin dan turunanya memenuhi persyaratan Lipinski’s Rule of Five yang artinya senyawa tersebut diprediksi dapat diabsorpsi dan dapat berikatan dengan reseptor target. Hasil penambatan molekular dari senyawa kumarin dan turunannya memiliki afinitas terhadap reseptor alfa glukosidase. Senyawa yang memiliki afinitas paling baik yaitu senyawa edgeworoside c dengan nilai energi bebas ikatan -8,91 kkal/mol dan konstanta inhibisi 0,29255 μmolar. Hasil toksisitas yang diperoleh adalah seluruh senyawa uji termasuk ke dalam toksisitas kelas III yang artinya pada konsentrasi yang tinggi tidak dijamin keamanan dalam penggunaannya. Kemudian seluruh senyawa uji kumarin dan turunnya tidak bersifat karsinogenik maupun mutagenik.