用于治疗二氧化硅碱的抗糖尿病剂

Nerdy Nerdy, Effendy De Lux Putra, Ginda Haro, Urip Harahap
{"title":"用于治疗二氧化硅碱的抗糖尿病剂","authors":"Nerdy Nerdy, Effendy De Lux Putra, Ginda Haro, Urip Harahap","doi":"10.32734/TM.V1I1.83","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Diabetes melitus merupakan penyakit yang diderita oleh banyak orang di dunia. Banyak obat sintetik yang tersedia untuk pengobatan diabetes melitus. Namun, ada kebutuhan yang mendesak untuk menghasilkan obat antidiabetes yang lebih baik khususnya dari bahan alam. Literatur menunjukkan bahwa flavonoid merupakan metabolit sekunder dari tumbuhan yang berkhasiat sebagai antidiabetes yang baik. Naringenin merupakan flavonoid dari jeruk yang memiliki aktivitas antidiabetes. Senyawa turunan lipofilik dari flavonoid naringenin yang dalam bentuk ester dapat meningkatkan aktivitas antidiabetes dari senyawa induk. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan aktivitas antidiabetes dari senyawa naringenin dan senyawa ester dari naringenin. Penelitian ini dilakukan dengan penambatan secara in siliko dari molekul senyawa uji naringenin, serta turunan ester dari naringenin dengan penambatan secara in siliko terhadap Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) yang diunduh via Protein Data Bank (PDB) dengan kode protein 1KHB. Selanjutnya dilakukan proses penambatan dengan program PLANTS, dan kemudian dilakukan evaluasi nilai energi ikatan hasil proses penambatan. Proses penambatan kembali molekul ligan asli ke dalam molekul kantung ikatan Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) diperoleh nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) 0,7670 Å. Penambatan molekul senyawa uji senyawa turunan ester dari naringenin menunjukkan aktivitas yang lebih baik dengan nilai energi ikatan yang lebih rendah bila dibandingkan dengan senyawa induk naringenin. \nDiabetes mellitus is a disease suffered by many around the world. There are many available synthetic medications for diabetes mellitus treatment. However, there are urgent needs to produce a better anti-diabetic especially from natural sources. Previous studiesindicated that flavonoid is asecondary metabolite from plants which has good anti-diabetic function. Naringenin is a flavonoid from orange which has anti-diabetic activity. The lipophilic derivative compound of naringenin flavonoid in ester form can increase the anti-diabetic activity from the parent compound. This research objectives were to determine the anti-diabetic activity of naringenin compounds and its ester compounds. This research was conducted using in silico docking ofcompound molecule of naringenin and also the ester derivation from naringenin with in silico docking to PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) downloaded via Protein Data Bank (PDB) using 1 KHB protein code. Furthermore, docking process was conducted using PLANTS program, and also the bond energy value evaluation of the docking process. The ligand molecule docked in bag of bonds molecule (PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) and the Root Mean Square Derivation (RMSD) with the value of 0.7670 Å was obtained. The naringenin ester derivation docking test indicated a better activity with a lower bond energy value than the naringenin parent compound.","PeriodicalId":220518,"journal":{"name":"Talenta Conference Series: Tropical Medicine (TM)","volume":"28 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-10-02","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Penambatan In Siliko Senyawa Ester Naringenin Sebagai Antidiabetes\",\"authors\":\"Nerdy Nerdy, Effendy De Lux Putra, Ginda Haro, Urip Harahap\",\"doi\":\"10.32734/TM.V1I1.83\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Diabetes melitus merupakan penyakit yang diderita oleh banyak orang di dunia. Banyak obat sintetik yang tersedia untuk pengobatan diabetes melitus. Namun, ada kebutuhan yang mendesak untuk menghasilkan obat antidiabetes yang lebih baik khususnya dari bahan alam. Literatur menunjukkan bahwa flavonoid merupakan metabolit sekunder dari tumbuhan yang berkhasiat sebagai antidiabetes yang baik. Naringenin merupakan flavonoid dari jeruk yang memiliki aktivitas antidiabetes. Senyawa turunan lipofilik dari flavonoid naringenin yang dalam bentuk ester dapat meningkatkan aktivitas antidiabetes dari senyawa induk. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan aktivitas antidiabetes dari senyawa naringenin dan senyawa ester dari naringenin. Penelitian ini dilakukan dengan penambatan secara in siliko dari molekul senyawa uji naringenin, serta turunan ester dari naringenin dengan penambatan secara in siliko terhadap Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) yang diunduh via Protein Data Bank (PDB) dengan kode protein 1KHB. Selanjutnya dilakukan proses penambatan dengan program PLANTS, dan kemudian dilakukan evaluasi nilai energi ikatan hasil proses penambatan. Proses penambatan kembali molekul ligan asli ke dalam molekul kantung ikatan Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) diperoleh nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) 0,7670 Å. Penambatan molekul senyawa uji senyawa turunan ester dari naringenin menunjukkan aktivitas yang lebih baik dengan nilai energi ikatan yang lebih rendah bila dibandingkan dengan senyawa induk naringenin. \\nDiabetes mellitus is a disease suffered by many around the world. There are many available synthetic medications for diabetes mellitus treatment. However, there are urgent needs to produce a better anti-diabetic especially from natural sources. Previous studiesindicated that flavonoid is asecondary metabolite from plants which has good anti-diabetic function. Naringenin is a flavonoid from orange which has anti-diabetic activity. The lipophilic derivative compound of naringenin flavonoid in ester form can increase the anti-diabetic activity from the parent compound. This research objectives were to determine the anti-diabetic activity of naringenin compounds and its ester compounds. This research was conducted using in silico docking ofcompound molecule of naringenin and also the ester derivation from naringenin with in silico docking to PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) downloaded via Protein Data Bank (PDB) using 1 KHB protein code. Furthermore, docking process was conducted using PLANTS program, and also the bond energy value evaluation of the docking process. The ligand molecule docked in bag of bonds molecule (PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) and the Root Mean Square Derivation (RMSD) with the value of 0.7670 Å was obtained. The naringenin ester derivation docking test indicated a better activity with a lower bond energy value than the naringenin parent compound.\",\"PeriodicalId\":220518,\"journal\":{\"name\":\"Talenta Conference Series: Tropical Medicine (TM)\",\"volume\":\"28 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2018-10-02\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Talenta Conference Series: Tropical Medicine (TM)\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.32734/TM.V1I1.83\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Talenta Conference Series: Tropical Medicine (TM)","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.32734/TM.V1I1.83","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

糖尿病是世界上许多人的一种疾病。许多合成药物可用于治疗糖尿病。然而,我们迫切需要从自然材料中生产更好的抗糖尿病药物。有文献表明,黄酮是一种作为良好抗糖尿病药物的植物的次级代谢。Naringenin是一种具有抗糖尿病活性的橙子黄酮。以斯帖形式存在的类黄酮的一种脂肪酸化合物,可以增加宿主化合物的抗糖尿病活性。本研究的目的是确定naringenin化合物和naringenin酯化合物的抗糖尿病活性。这项研究涉及脱氧核糖核酸(naringenin)的分子二恶英(cyingenin)的二恶英(ester)的衍生物,以及通过gdp (gdp)的蛋白质银行数据(gdp)下载的二甲氧核糖核酸(PEPCK)。然后通过PLANTS项目进行一个确保过程,然后对附加过程中产生的能量价值进行评估。原根分子的提取过程将原根分子重新注入磷酸钙丙烯酸酯包中,得到0.7670 A的根均值均值。naringenin中酯衍生物测定的分子化合物的化合物,与纳林宿主化合物相比,结合能的能量值较低,显示效果更好。糖尿病被许多世界所吸收。有许多可用的合成医疗来缓解糖尿病。需要更强的抗糖尿病药特别是从自然资源。普里维奥斯的研究表明,这种黄酮的代谢产物有良好的抗糖尿病功能。Naringenin是一种具有抗糖尿病作用的橙色黄酮。以斯帖form中naringenin flavonoid衍生品可以从学区增加抗糖尿病活动。这项研究的目标是确定反糖尿病行为和其结果。这项研究采用二甲氧核糖核酸(一种KHB蛋白密码),并采用二甲氧核糖核酸(二氧化硫)的合成分子。在更远的地方,未经批准的处理程序使用了植物项目,以及对该项目的债券能量评估。流动性分子被锁在分子的小包里,而根均值的分布得到0.7670的控制。naringenin对对接的影响测试的影响是,她的低键能量比单亲社区的匿名能量更有说服力。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
Penambatan In Siliko Senyawa Ester Naringenin Sebagai Antidiabetes
Diabetes melitus merupakan penyakit yang diderita oleh banyak orang di dunia. Banyak obat sintetik yang tersedia untuk pengobatan diabetes melitus. Namun, ada kebutuhan yang mendesak untuk menghasilkan obat antidiabetes yang lebih baik khususnya dari bahan alam. Literatur menunjukkan bahwa flavonoid merupakan metabolit sekunder dari tumbuhan yang berkhasiat sebagai antidiabetes yang baik. Naringenin merupakan flavonoid dari jeruk yang memiliki aktivitas antidiabetes. Senyawa turunan lipofilik dari flavonoid naringenin yang dalam bentuk ester dapat meningkatkan aktivitas antidiabetes dari senyawa induk. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan aktivitas antidiabetes dari senyawa naringenin dan senyawa ester dari naringenin. Penelitian ini dilakukan dengan penambatan secara in siliko dari molekul senyawa uji naringenin, serta turunan ester dari naringenin dengan penambatan secara in siliko terhadap Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) yang diunduh via Protein Data Bank (PDB) dengan kode protein 1KHB. Selanjutnya dilakukan proses penambatan dengan program PLANTS, dan kemudian dilakukan evaluasi nilai energi ikatan hasil proses penambatan. Proses penambatan kembali molekul ligan asli ke dalam molekul kantung ikatan Phosphoenolpyruvate Carboxykinase (PEPCK) diperoleh nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) 0,7670 Å. Penambatan molekul senyawa uji senyawa turunan ester dari naringenin menunjukkan aktivitas yang lebih baik dengan nilai energi ikatan yang lebih rendah bila dibandingkan dengan senyawa induk naringenin. Diabetes mellitus is a disease suffered by many around the world. There are many available synthetic medications for diabetes mellitus treatment. However, there are urgent needs to produce a better anti-diabetic especially from natural sources. Previous studiesindicated that flavonoid is asecondary metabolite from plants which has good anti-diabetic function. Naringenin is a flavonoid from orange which has anti-diabetic activity. The lipophilic derivative compound of naringenin flavonoid in ester form can increase the anti-diabetic activity from the parent compound. This research objectives were to determine the anti-diabetic activity of naringenin compounds and its ester compounds. This research was conducted using in silico docking ofcompound molecule of naringenin and also the ester derivation from naringenin with in silico docking to PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) downloaded via Protein Data Bank (PDB) using 1 KHB protein code. Furthermore, docking process was conducted using PLANTS program, and also the bond energy value evaluation of the docking process. The ligand molecule docked in bag of bonds molecule (PhosphoenolpyruvateCarboxykinase (PEPCK) and the Root Mean Square Derivation (RMSD) with the value of 0.7670 Å was obtained. The naringenin ester derivation docking test indicated a better activity with a lower bond energy value than the naringenin parent compound.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:604180095
Book学术官方微信