Longest Common Subsequence Aplicada à Comparação de Proteínas

Abstract

Este trabalho realiza uma comparação do desempenho de dois algoritmos na busca da maior subsequência comum (LCS - Longest Common Sub- sequence) entre sequências de proteínas de organismos vivos. Para isso foram utilizadas sequências de diversos tamanhos e realizados testes com os algoritmos de Wagner-Fischer e Needleman-Wunsch. Foi observado que conforme o tamanho da entrada cresce, o tempo de execução aumenta linearmente para ambos os algoritmos, contudo, apresentando melhores resultados para o algoritmo de Wagner-Fischer.