Interlaboratory study to assess the practical utility of OSAC proposed standard 2021-S-0006: Standard for the use of GenBank for taxonomic assignment of wildlife

Khushi K. Patel, Melissa K.R. Scheible, Kelly A. Meiklejohn
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评估OSAC拟议标准2021-S-0006实际效用的实验室间研究:使用GenBank进行野生动物分类分配的标准
野生动物法医实验室经常被要求确认作为证据提交的材料的分类身份。当基于形态学的分类分配不可能时,通常采用基于DNA的方法,从业者通常依赖于将未知证据序列与GenBank等公共序列数据库进行比较。为了解决GenBank在个案工作中的使用问题,法医学科学地区委员会组织(OSAC)野生动物法医生物学小组委员会制定了2021-S-0006《使用GenBank进行野生动物分类分配的标准》(目前是OSAC提议的标准)。进行了一项实验室间研究,以评估2021-S-0006的实际效用。产生了40种不同野生动物的分类信息线粒体基因座的桑格序列数据。招募了全球11个野生动物法医实验室,并将10个未知样本送往2021-S-0006进行分析。将每个实验室生成的分类分配进行比较,a)与真实身份进行比较以确定正确性,b)跨实验室进行比较以评估一致性。在2021-S-0006之后,向物种水平报告的实验室在98.3%的情况下是正确的,并且在实验室之间观察到100%的一致性。此外,实验室选择的解释GenBank登录的标准(2021-s-0006第4.3节)也进行了独立评估,因为它们构成了确定分类报告适当水平的支柱。84%的病例正确选择了标准,大多数病例的实验室报告达到了适当的分类水平。总的来说,这项实验室间研究表明,OSAC提出的标准2021-S-0006为在野生动物法医案例工作中使用GenBank进行分类分配提供了一个极好的框架。
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Forensic science international. Animals and environments
Forensic science international. Animals and environments Pollution, Law, Forensic Medicine, Veterinary Science and Veterinary Medicine (General)
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