Comparison of Three DNA Isolation Methods of Aspergillus Niger

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) menjadi teknik yang diaplikasikan untuk mendeteksi dan menguji keberadaan materi genetik dari jamur patogen. Metode ini selanjutnya banyak dikembangkan karena memiliki sensitivitas yang tinggi dibanding dengan metode kultur dalam mendeteksi keberadaan jamur patogen. Untuk melakukan pengujian berbasis PCR yang sensitif, spesifik, dan andal, ketersediaan DNA murni serta protokol ekstraksi DNA yang mudah dilakukan sangat penting. Saat ini, protokol untuk ekstraksi DNA yang ada pada umumnya memerlukan kit khusus dan dengan tambahan enzim. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk membandingkan kuantitas dan kualitas hasil isolasi DNA Aspergillus niger dengan tiga metode yang berbeda. Tahapan penelitian yang dilakukan meliputi kultur murni A. niger dan isolasi total DNA menggunakan tiga metode, yaitu protokol sesuai pada instruksi Wizard® Genomic DNA Purification Kit (P1), Modifikasi Wizard® Genomic DNA Purification Kit (P2) dan Monarch Genomic DNA Purification Kit NEB (P3). Hasil evaluasi isolasi DNA melalui spektrofotometer pada panjang gelombang A260/280 nm menujukkan rasio ~1.4, ~1.8, dan ~1.7 pada P1 dan P2, dan P3 berturut-turut. Kuantitas yang didapat berkisar antara 210 sampai 305 ng/µL. Hasil DNA total didapat selanjutnya digunakan untuk uji PCR fragmen DNA ribosom daerah ITS menggunakan primer ITS1 dan ITS4. Pengamatan elektroforosis hasil PCR menunjukkan semua sampel menghasilkan pita dengan panjang ~500 bp. Hasil isolasi DNA pada metode P1 tidak menunjukkan pita pada gel agarose, tetapi dapat terlihat pada produk PCR. Metode P2 dan P3 menunjukkan DNA yang memiliki kualitas dan kualitas yang baik. Metode P2 dan P3 menggunakan teknik penghancuran sel dengan nitrogen cair dan kombinasi penambahan proteinase K. Protokol yang didapatkan diharapkan memberikan informasi metode yang cepat dan baik dalam isolasi DNA total dari A. niger.   Kata kunci: Aspergillus niger, Isolasi DNA, ITS1, ITS4