Constraint-based metabolic modeling reveals metabolic properties underpinning the unprecedented growth of Chlorella ohadii

IF 8.1 1区生物学 Q1 PLANT SCIENCES

New Phytologist Pub Date : 2025-09-05 DOI:10.1111/nph.70528

Fayaz Soleymani, Sandra Marcela Correa, Marius Arend, Niayesh Forghanisardaghi, Haim Treves, Zahra Razaghi-Moghadam, Zoran Nikoloski

引用次数: 0

Abstract

Abstract Image

查看原文本刊更多论文

基于约束的代谢模型揭示了支撑小球藻史无前例生长的代谢特性

对同一分类类群在相似条件下生长的生物进行分子和生理比较分析，为鉴定性状改良的基因靶点提供了一种策略。虽然这一策略也可以在计算机上使用比较生物的基因组尺度代谢模型来执行，但我们仍然缺乏这种模型的从头生成的解决方案，特别是对于真核生物。为了促进模型驱动的基因靶点鉴定，以改善绿藻的生长，在这里，我们提出了一个半自动化的平台，用于重新生成基因组尺度的藻类代谢模型。我们利用该平台重建了迄今为止报道的生长最快的绿藻小球藻（Chlorella ohadii）的酶约束、基因组尺度代谢模型，并在三种生长条件下的实验中验证了生长预测。我们还提出了一种基于通量分析的计算策略来确定生长改善的目标。利用所有现有的绿藻模型进行广泛的基于通量的比较分析，不仅在标准条件下，而且在极端光照条件下，确定了潜在的生长改善目标，在极端光照条件下，C. ohadii仍然表现出异常的生长。我们的研究结果表明，开发的平台为藻类全基因组尺度代谢模型的生成提供了基础。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

New Phytologist 生物-植物科学

自引率

5.30%

发文量

728

期刊介绍： New Phytologist is an international electronic journal published 24 times a year. It is owned by the New Phytologist Foundation, a non-profit-making charitable organization dedicated to promoting plant science. The journal publishes excellent, novel, rigorous, and timely research and scholarship in plant science and its applications. The articles cover topics in five sections: Physiology & Development, Environment, Interaction, Evolution, and Transformative Plant Biotechnology. These sections encompass intracellular processes, global environmental change, and encourage cross-disciplinary approaches. The journal recognizes the use of techniques from molecular and cell biology, functional genomics, modeling, and system-based approaches in plant science. Abstracting and Indexing Information for New Phytologist includes Academic Search, AgBiotech News & Information, Agroforestry Abstracts, Biochemistry & Biophysics Citation Index, Botanical Pesticides, CAB Abstracts®, Environment Index, Global Health, and Plant Breeding Abstracts, and others.