龙葵泛基因组突出平行多样化

茄属是一个多样化的属，包括番茄（茄属）、马铃薯（茄属）、茄子（茄属）和非洲茄子（埃塞俄比亚茄属）等作物，非洲茄子是撒哈拉以南非洲的一种土著作物。Benoit等人从22个物种的染色体尺度基因组组装构建了茄属的泛基因组，捕获了丰富的表型和基因组多样性，并研究了平行进化动力学。在22个物种中发现了广泛的基因复制和平行分化。作者建立了两类平行对，即剂量限制或无剂量限制的正类群，并从不同的组织中生成了泛茄基因表达数据集。为了研究平行多样化对基因型-表型关系的影响，他们整合了跨物种的泛遗传学，发现了果实大小调节因子CLV3中修改的补偿关系。非洲茄子的泛基因组表明果实大小变异和CLV3平行分化。祖先冗余的CLE9平行序列的丢失由串联重复弥补，串联重复由于随后重复的CLV3基因的假原化而再次丢失，产生单个融合的CLV3等位基因。总的来说，该研究为茄属植物的平行进化提供了有价值的见解，并为未来的本土作物改良提供了机会。原始参考文献：Nature https://doi.org/10.1038/s41586-025-08619-6 （2025）