Étude de la diversité génétique du virus de la dengue à La Réunion de 2012 à 2022. Liens avec les pays de la zone de l'océan Indien et de l'Asie

Médecine et Maladies Infectieuses Formation Pub Date : 2025-02-01 DOI:10.1016/j.mmifmc.2025.01.042

É. Frumence , N. Traversier , M-C. Jaffar-Bandjee

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Abstract

La dengue constitue un enjeu majeur de santé publique à La Réunion. L'île a connu des épidémies récurrentes des sérotypes 1 et 2 du virus de la dengue (DENV) ces dernières années, entraînant plus de 70 000 cas confirmés depuis 2017. Le laboratoire du CHU de La Réunion assure la surveillance génomique du DENV à La Réunion en tant que laboratoire associé au Centre National de Référence pour les arbovirus.

Dans cette étude, nous avons utilisé la technologie de séquençage à haut débit d'Oxford Nanopore pour séquencer des échantillons cliniques et des isolats collectés entre 2012 et 2022 à travers toute l'île, afin d'explorer l'épidémiologie moléculaire et l'évolution des virus de la dengue à La Réunion. Nous avons généré et analysé plus de 800 séquences de génomes de DENV. En outre, nous avons également séquencé des échantillons cliniques provenant de Mayotte.

Nos résultats montrent une diversité génétique significative parmi les variants du virus de la dengue ayant circulé sur l'île au cours de la dernière décennie. Cette diversité indique la présence simultanée de multiples lignées et variants, résultant probablement d'introductions régulières de nouvelles souches. En comparant nos séquences avec celles des bases de données publiques, nous avons pu réaliser des analyses phylogénétiques, permettant d’étudier les dynamiques probables de transmission des virus. Nos analyses suggèrent que les séquences détectées à La Réunion pourraient provenir d'autres îles de l'océan Indien, telles que les Seychelles et Mayotte, ainsi que de régions d'Asie (Chine, Inde) et d'Afrique où le virus de la dengue circule.

Nos résultats de génomique peuvent fournir aux autorités sanitaires locales des informations précieuses sur l'endémicité des variants de DENV circulant à La Réunion, permettant ainsi d'améliorer la gestion et la surveillance de la dengue. Ce travail souligne l'importance d'une forte coordination et collaboration entre La Réunion, les îles et pays voisins de l'océan Indien et la France hexagonale pour lutter ensemble contre cette maladie.

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2012年至2022年在留尼旺岛研究登革热病毒的遗传多样性。与印度洋和亚洲国家的联系

登革热是留尼旺岛的一个主要公共卫生问题。近年来，该岛反复爆发登革热病毒（DENV）血清型1和2，自2017年以来已导致7万多例确诊病例。留尼旺大学的实验室作为国家虫媒病毒参考中心的附属实验室，对留尼旺的DENV进行基因组监测。在这项研究中，我们使用牛津纳米孔公司的高通量测序技术对2012年至2022年期间在整个岛屿收集的临床样本和分离株进行测序，以探索留尼旺岛登革热病毒的分子流行病学和演变。我们已经生成和分析了超过800个DENV基因组序列。此外，我们还对马约特的临床样本进行了测序。我们的研究结果表明，在过去十年中在该岛传播的登革热病毒变种具有显著的遗传多样性。这种多样性表明同时存在多个品系和变种，可能是定期引入新品系的结果。通过将我们的序列与公共数据库中的序列进行比较，我们能够进行系统发育分析，从而研究病毒传播的可能动态。我们的分析表明，在留尼旺岛检测到的序列可能来自印度洋的其他岛屿，如塞舌尔和马约特，以及登革热病毒传播的亚洲（中国、印度）和非洲地区。我们的基因组结果可以为当地卫生当局提供有关在留尼旺岛传播的登革病毒变种流行情况的宝贵信息，从而改善登革热的管理和监测。这项工作强调了留尼旺岛、印度洋岛屿和邻国以及法国之间加强协调与合作的重要性，以便共同防治这一疾病。

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