Les voies de l’ovogenèse : quels groupes de gènes candidats dans l’insuffisance ovarienne prématurée ?

Q3 Medicine

Morphologie Pub Date : 2024-11-26 DOI:10.1016/j.morpho.2024.100862

Anna Lokchine , Sophie Christin-Maitre , Linda Akloul , Laurence Cluzeau , Lorrie Le Page , Laura Mary , Erika Launay , Marc Planes , Christèle Dubourg , Mathilde Domin-Bernhard , Bénédicte Nouyou , Solène Duros , Wilfrid Carré , Leniack Detivaud , Laure Metayer-Amelot , Sophie Krieger , Nicolas Goardon , Pierre Marijon , Pierre Blanc , Frédéric Chalmel , Sylvie Jaillard

{"title":"Les voies de l’ovogenèse : quels groupes de gènes candidats dans l’insuffisance ovarienne prématurée ?","authors":"Anna Lokchine , Sophie Christin-Maitre , Linda Akloul , Laurence Cluzeau , Lorrie Le Page , Laura Mary , Erika Launay , Marc Planes , Christèle Dubourg , Mathilde Domin-Bernhard , Bénédicte Nouyou , Solène Duros , Wilfrid Carré , Leniack Detivaud , Laure Metayer-Amelot , Sophie Krieger , Nicolas Goardon , Pierre Marijon , Pierre Blanc , Frédéric Chalmel , Sylvie Jaillard","doi":"10.1016/j.morpho.2024.100862","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"<div><div>L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) peut être due à l’altération de différentes voies biologiques nécessaires à la mise en place de la fonction ovarienne. Plusieurs classifications des gènes responsables d’IOP en sous-catégories fonctionnelles ont été proposées, avec des groupes plus ou moins détaillés. Afin de proposer une catégorisation adaptée à l’application clinique, nous avons repris les données génomiques d’une cohorte de plus de 150 patientes avec IOP analysées par séquençage haut débit. Trois catégories de gènes ont particulièrement retenu notre attention : les gènes méiotiques ou de réparation de l’ADN, les gènes mitochondriaux et les gènes codant pour les protéines se liant à l’ARNm.</div><div>Nous rapportons par la description d’un nouveau gène, SWSAP1, formant avec ZSWIM7 le complexe Shu intervenant lors de la recombinaison homologue. Nous avons également mis en évidence des variants dans des gènes de prédisposition à certaines formes de cancers tels que RAD51D, NBN ou BRIP1 chez des patientes sans histoire familiale ou personnelle de cancer. Nous identifions également des variants dans des gènes de pathologies mitochondriales comme TUFM, MIGA2 ou encore MFN1 pour lesquels le phénotype d’IOP n’est que peu ou pas rapporté. Nous avons enfin mis en évidence des variants d’intérêt dans des gènes responsables de défauts de maturation ovocytaire (PANX1) ou de fausses couches à répétition (SYCP3), chez des patientes avec IOP. Enfin, les processus de maturation de l’ovocyte sont tributaires du contrôle des taux d’ARNm dès le stade de follicule primordial jusqu’aux premiers stades de l’embryogenèse. Nous avons identifié deux candidats majeurs : ELALV2 interrompu au niveau d’un point de cassure de remaniement chromosomique, caractérisé par séquençage de génome short-read et longread, et LSM14B. Ce travail permet de mieux caractériser les groupes de gènes impliqués dans l’IOP et pourra être complété par le développement d’un outil de priorisation grâce aux outils de machine-learning.</div></div>","PeriodicalId":39316,"journal":{"name":"Morphologie","volume":"108 363","pages":"Article 100862"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2024-11-26","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Morphologie","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1286011524001024","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q3","JCRName":"Medicine","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

L’insuffisance ovarienne prématurée (IOP) peut être due à l’altération de différentes voies biologiques nécessaires à la mise en place de la fonction ovarienne. Plusieurs classifications des gènes responsables d’IOP en sous-catégories fonctionnelles ont été proposées, avec des groupes plus ou moins détaillés. Afin de proposer une catégorisation adaptée à l’application clinique, nous avons repris les données génomiques d’une cohorte de plus de 150 patientes avec IOP analysées par séquençage haut débit. Trois catégories de gènes ont particulièrement retenu notre attention : les gènes méiotiques ou de réparation de l’ADN, les gènes mitochondriaux et les gènes codant pour les protéines se liant à l’ARNm.

Nous rapportons par la description d’un nouveau gène, SWSAP1, formant avec ZSWIM7 le complexe Shu intervenant lors de la recombinaison homologue. Nous avons également mis en évidence des variants dans des gènes de prédisposition à certaines formes de cancers tels que RAD51D, NBN ou BRIP1 chez des patientes sans histoire familiale ou personnelle de cancer. Nous identifions également des variants dans des gènes de pathologies mitochondriales comme TUFM, MIGA2 ou encore MFN1 pour lesquels le phénotype d’IOP n’est que peu ou pas rapporté. Nous avons enfin mis en évidence des variants d’intérêt dans des gènes responsables de défauts de maturation ovocytaire (PANX1) ou de fausses couches à répétition (SYCP3), chez des patientes avec IOP. Enfin, les processus de maturation de l’ovocyte sont tributaires du contrôle des taux d’ARNm dès le stade de follicule primordial jusqu’aux premiers stades de l’embryogenèse. Nous avons identifié deux candidats majeurs : ELALV2 interrompu au niveau d’un point de cassure de remaniement chromosomique, caractérisé par séquençage de génome short-read et longread, et LSM14B. Ce travail permet de mieux caractériser les groupes de gènes impliqués dans l’IOP et pourra être complété par le développement d’un outil de priorisation grâce aux outils de machine-learning.

查看原文本刊更多论文

卵子生成途径：卵巢早衰的候选基因簇有哪些？

卵巢功能早衰（POF）可能是由于建立卵巢功能所需的各种生物学途径发生了改变。目前已提出了几种将导致 POI 的基因分为功能亚类的分类方法，其中或多或少都有详细的分组。为了提出一种适合临床应用的分类方法，我们使用了 150 多名 POI 患者的基因组数据，并对这些数据进行了高通量测序分析。我们对三类基因特别感兴趣：减数分裂或 DNA 修复基因、线粒体基因和编码 mRNA 结合蛋白的基因。我们报告了一个新基因 SWSAP1 的描述，该基因与 ZSWIM7 共同构成了参与同源重组的 Shu 复合物。我们还在没有家族或个人癌症病史的患者中发现了易患某些癌症的基因变异，如 RAD51D、NBN 和 BRIP1。我们还发现了线粒体疾病基因中的变体，如 TUFM、MIGA2 和 MFN1，这些基因的 POI 表型仅在极少数情况下或根本没有报道过。最后，我们在 POI 患者中发现了导致卵母细胞成熟缺陷（PANX1）或复发性流产（SYCP3）的相关基因变异。最后，卵母细胞成熟过程依赖于从原始卵泡阶段到胚胎发生早期阶段的 mRNA 水平控制。我们已经确定了两个主要候选基因：一个是染色体重排断点中断的 ELALV2（通过短读和长读基因组测序确定其特征），另一个是 LSM14B。这项工作将使我们能够更好地确定参与 POI 的基因组的特征，并可通过使用机器学习工具开发优先排序工具加以补充。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Morphologie Medicine-Anatomy

CiteScore

2.30

自引率

0.00%

发文量

150

审稿时长

25 days

期刊介绍： Morphologie est une revue universitaire avec une ouverture médicale qui sa adresse aux enseignants, aux étudiants, aux chercheurs et aux cliniciens en anatomie et en morphologie. Vous y trouverez les développements les plus actuels de votre spécialité, en France comme a international. Le objectif de Morphologie est d?offrir des lectures privilégiées sous forme de revues générales, d?articles originaux, de mises au point didactiques et de revues de la littérature, qui permettront notamment aux enseignants de optimiser leurs cours et aux spécialistes d?enrichir leurs connaissances.