ANÁLISE GENÔMICA DE AMOSTRAS KLEBSIELLA SP. PRODUTORAS DE CARBAPENEMASES ISOLADAS NO RIO DE JANEIRO

Abstract

Introdução/objetivos

Amostras do gênero Klebsiella, principalmente da espécie K. pneumoniae, estão os patógenos mais frequentes em infecções relacionadas à assistência em saúde e infecções invasivas adquiridas na comunidade. K. pneumoniae está entre os microrganismos mais frequentes entre amostras resistentes a múltiplas drogas. Nas últimas décadas, a resistência aos carbapenemas tem crescido, sendo associada a desfecho clínico desfavorável e aumento da morbidade e mortalidade, além do aumento dos custos de hospitalização, internações mais longas e do uso de antibióticos alternativos e mais caros. O objetivo do estudo foi caracterizar amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases quanto aos clones que pertencem e aos genes e mutações que codificam resistência aos antimicrobianos.

Materiais e métodos

166 amostras de Klebsiella sp. produtoras de carbapenemases foram obtidas de diversos espécimes clínicos de um hospital no Rio de Janeiro entre janeiro de 2014 e janeiro de 2017 (n = 105) e março a outubro de 2020 (n = 61). Estas foram enviadas para sequenciamento do genoma completo. A identificação de espécie, MLST e genes de resistência aos antimicrobianos foram determinadas através das ferramentas on-line disponibilizadas pelo Center for Genomic Epidemiology.

Resultados

Das 166 amostras do estudo 162 foram identificadas com K. pneumoniae, 3 como K. aerogenes e 1 como K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae. Observamos significativas mudanças clonais quando comparamos as amostras dos dois períodos (p < 0.005). Os dois STs mais frequentes em 2014-2017 (ST437 61% e ST340 11%) não foram observados no período de 2020, sendo substituídos pelo ST11 (46%), ST16 (26%) e ST258 (15%) no segundo período do estudo. Dentre os genes de resistência encontrados destacamos a presença das carbapenemases KPC-2 em 121 (73%) amostras, KPC-2 e OXA-370 em 22 (13%), OXA-370 em 11 (7%), KPC-2 e NDM-1 em 10 (6%) e NDM-1 em 2 (1%) e a ESBL CTX-M-15 em 86 (52%). Além destes, foi encontrada uma grande diversidade de genes conferindo resistência a aminoglicosídeos, trimetoprim, quinolonas, fenicóis, macrolídeos, tetraciclinas, fosfomicina, sulfonamidas e rifampicina e mutações conferindo resistência as polimixinas.

Conclusões

Observamos significativa mudança clonal entre os períodos estudados e uma grande diversidade de genes que codificam resistência aos antimicrobianos, ressaltando a importância da vigilância epidemiológica de amostras produtoras de carbapenemases.

Palavras-chave

Klebsiella, Klebsiella pneumoniae, Carbapenemases, KPC, OXA-48.

Conflitos de interesse

Não houve conflitos de interesse.

Ética e financiamentos

Aspectos éticos: Aprovado pelos Comitês de Ética em Pesquisa do HUCFF, CAAE 60433716.8.0000.5257, e da Sociedade de Ensino Superior Estácio de Sá, 39277320.5.0000. Estudo financiado por FAPERJ n.E-26/200.228/2022, INPRA/CNPq 465718/2014-0, CNPq 312205/2019-8 e CAPES 001.