Análisis de los sitios de unión de la ivermectina en la estructura de importinas α humanas

Abstract

Resumen: La ivermectina ha demostrado importantes actividades antivirales in vitro contra numerosos virus de ARN, inclusive contra el virus del SARS-CoV-2. Se ha descrito que la ivermectina inhibe la actividad del heterodímero importina α/β1, sin embargo, se desconoce los sitios específicos blancos de interacción de la molécula. Objetivos:  En este estudio se llevó a cabo el análisis in silico de los sitios de unión de la molécula de ivermectina en interacción con la estructura de la importina α humana, utilizando la estrategia del acoplamiento molecular. Métodos:  Se realizaron simulaciones del acoplamiento utilizando un modelo semiflexible y el algoritmo Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno entre las estructuras de ivermectina y la importina α. Resultados:  Los datos obtenidos revelan una mayor afinidad de interacción de la ivermectina en los dominios ARM2-ARM4 (sitio mayor de unión) de las importinas α humanas, con energías de unión favorables de -9,5 a -8,0 kcal.mol-1. Los residuos activos de mayor importancia en las interacciones fueron los residuos Triptófano, Asparagina y Arginina, los cuales también son fundamentales para el reconocimiento de secuencias NLS (secuencias de localización nuclear) de las proteínas virales. También se registró afinidades por los dominios H1-ARM5, H2-ARM6 y H2-ARM7, con energía de unión de -7,5 kcal.mol-1. Conclusiones:  Los resultados de este estudio evidencian que la molécula de ivermectina presenta afinidades de unión favorables al sitio mayor de unión (ARM2-ARM4) de las importinas α humanas la cual es una región importante de unión a proteínas virales.