ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН С ЖИРНОКИСЛОТНЫМ СОСТАВОМ МОЛОКА КАРАЧАЕВСКИХ КОЗ

Molochnoe i miasnoe skotovodstvo Pub Date : 2023-12-04 DOI:10.33943/mms.2023.77.99.002

М. И. Селионова, Владимир Иванович Трухачев, А.М.М. Айбазов, Н. А. Зиновьева, А. А. Белоус

{"title":"ПОЛНОГЕНОМНЫЙ ПОИСК АССОЦИАЦИЙ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН С ЖИРНОКИСЛОТНЫМ СОСТАВОМ МОЛОКА КАРАЧАЕВСКИХ КОЗ","authors":"М. И. Селионова, Владимир Иванович Трухачев, А.М.М. Айбазов, Н. А. Зиновьева, А. А. Белоус","doi":"10.33943/mms.2023.77.99.002","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"В статье приводятся результаты исследований по поиску генов-кандидатов, связанных с уровнем жира и жирнокислотным составом молока коз карачаевской породы на основе полногеномного анализа ассоциаций. Генотипирование выполняли с использованием ДНК-чипа GoatSNP53K Beadchip и программы BeadStudio, компонентный состав молока исследовали ИК-спектроскопией на автоматическом анализаторе CombiFoss 7 DC, ассоциативный анализ проводили множественной линейной регрессией с помощью программного пакета PLINK 1.90. Идентифицированы 26 полногеномных и 101 суггестивный SNP, связанные с содержанием жира и жирных кислот в молоке карачаевских коз, при этом наибольшее их число — 10, 8 и 14 SNP — выявлено на хромосомах 8, 16 и 25 соответственно. Полиморфизм snp16908-scaffold1766-616140 на хромосоме 25 является общим для 7 признаков (массовая доля жира, длинно-, средне- и короткоцепочечные, пальмитиновая, олеиновая жирные кислоты, трансизомеры жирных кислот), 3 полиморфизма — snp18646-scaffold1882-539299, snp10469-scaffold1373-2167084 и snp33285-scaffold391-913110 на хромосомах 2, 3 и 8 соответственно — для 5 признаков (насыщенные, средне- и короткоцепочечные, миристиновая и пальмитиновая жирные кислоты), полиморфизм snp3754-scaffold112-3973504 на хромосоме 16 — для 2 признаков (олеиновая и длинноцепочечные жирные кислоты). Структурная аннотация геномных регионов, покрывающих окно ±0,20 Mb от идентифицированных SNP, выявила 22 гена-кандидата, для 11 из которых описаны биологические функции в терминах генной онтологии. Установлено, что гены METTL8, INSIG1, CEMIP2, BAAT, PLPPR1, LACTB, FMO1, FMO2, ECI1, PGP и ABCA3 регулируют процессы липидного обмена и развития жировой ткани, и их следует рассматривать в качестве потенциальных ДНК-маркеров в селекции коз карачаевской породы.","PeriodicalId":301520,"journal":{"name":"Molochnoe i miasnoe skotovodstvo","volume":"53 11","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-12-04","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Molochnoe i miasnoe skotovodstvo","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.33943/mms.2023.77.99.002","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

В статье приводятся результаты исследований по поиску генов-кандидатов, связанных с уровнем жира и жирнокислотным составом молока коз карачаевской породы на основе полногеномного анализа ассоциаций. Генотипирование выполняли с использованием ДНК-чипа GoatSNP53K Beadchip и программы BeadStudio, компонентный состав молока исследовали ИК-спектроскопией на автоматическом анализаторе CombiFoss 7 DC, ассоциативный анализ проводили множественной линейной регрессией с помощью программного пакета PLINK 1.90. Идентифицированы 26 полногеномных и 101 суггестивный SNP, связанные с содержанием жира и жирных кислот в молоке карачаевских коз, при этом наибольшее их число — 10, 8 и 14 SNP — выявлено на хромосомах 8, 16 и 25 соответственно. Полиморфизм snp16908-scaffold1766-616140 на хромосоме 25 является общим для 7 признаков (массовая доля жира, длинно-, средне- и короткоцепочечные, пальмитиновая, олеиновая жирные кислоты, трансизомеры жирных кислот), 3 полиморфизма — snp18646-scaffold1882-539299, snp10469-scaffold1373-2167084 и snp33285-scaffold391-913110 на хромосомах 2, 3 и 8 соответственно — для 5 признаков (насыщенные, средне- и короткоцепочечные, миристиновая и пальмитиновая жирные кислоты), полиморфизм snp3754-scaffold112-3973504 на хромосоме 16 — для 2 признаков (олеиновая и длинноцепочечные жирные кислоты). Структурная аннотация геномных регионов, покрывающих окно ±0,20 Mb от идентифицированных SNP, выявила 22 гена-кандидата, для 11 из которых описаны биологические функции в терминах генной онтологии. Установлено, что гены METTL8, INSIG1, CEMIP2, BAAT, PLPPR1, LACTB, FMO1, FMO2, ECI1, PGP и ABCA3 регулируют процессы липидного обмена и развития жировой ткани, и их следует рассматривать в качестве потенциальных ДНК-маркеров в селекции коз карачаевской породы.

查看原文本刊更多论文

全基因组搜索单核苷酸置换与卡拉恰伊山羊奶脂肪酸组成的关系

文章介绍了在全基因组关联分析的基础上寻找与卡拉恰伊山羊牛奶脂肪含量和脂肪酸组成相关的候选基因的研究成果。使用 DNA 芯片 GoatSNP53K Beadchip 和 BeadStudio 软件进行基因分型，使用 CombiFoss 7 DC 自动分析仪的红外光谱分析牛奶成分，使用 PLINK 1.90 软件包进行多元线性回归关联分析。结果发现了 26 个与卡拉恰伊山羊奶中脂肪和脂肪酸含量相关的全基因组 SNP 和 101 个提示性 SNP，其中在 8、16 和 25 号染色体上检测到的 SNP 最多，分别为 10、8 和 14 个。第 25 号染色体上的多态性 snp16908-scaffold1766-616140 与 7 个性状（脂肪的质量分数、长链、中链和短链、棕榈酸、油酸、脂肪酸的反式异构体）有关，3 个多态性--snp18646-scaffold1882-539299、snp10469-scaffold1882-539299、snp10469-scaffold1882-539299 和 snp10469-scaffold1882-539299、snp18646-scaffold1882-539299、snp10469-scaffold1373-2167084 和 snp33285-scaffold391-913110（分别位于第 2、3 和 8 号染色体上）--针对 5 个性状（饱和脂肪酸、中链脂肪酸、短链脂肪酸、肉豆蔻脂肪酸和棕榈脂肪酸）；多态性 snp3754-scaffold112-3973504（位于第 16 号染色体上）--针对 2 个性状（油酸和长链脂肪酸）。从已确定的 SNPs 开始，对覆盖 ±0.20 Mb 窗口的基因组区域进行结构注释，发现了 22 个候选基因，其中 11 个基因的生物学功能已用基因本体论进行了描述。研究发现，METTL8、INSIG1、CEMIP2、BAAT、PLPPR1、LACTB、FMO1、FMO2、ECI1、PGP 和 ABCA3 等基因调控脂质代谢和脂肪组织的发育过程，这些基因应被视为挑选卡拉恰山羊的潜在 DNA 标记。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

Molochnoe i miasnoe skotovodstvo

自引率

0.00%

发文量