Pengembangan Primer Diagnostik Menggunakan Penanda mat-K Secara In Silico untuk Mendeteksi Kelangkaan Jenis Tumbuhan Di Indonesia

Abstract

Indonesia merupakan negara dengan kekayaan biodiversitas tertinggi di dunia. Terdapat sekitar 40.000 jenis tumbuhan yang tumbuh di Indonesia dan sebagian besar tumbuhan sudah menunjukkan kelangkaan. Penentuan kelangkaan suatu jenis tumbuhan dapat diketahui berdasarkan distribusi populasinya, namun membutuhkan waktu yang cukup lama. Ketidakstabilan genom akan terjadi pada jenis tumbuhan langka, karena tidak mampu beradaptasi pada ekosistem. Banyaknya tumbuhan yang terancam punah dan habitat asli yang rusak, maka mengharuskan para peneliti untuk mengetahui keberadaan dan melakukan pendataan terhadap keragaman jenis tumbuhan di Indonesia secara cepat. DNA barcoding merupakan teknik yang dikembangkan untuk mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan menggunakan potongan DNA tertentu. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari primer spesifik untuk mendeteksi status kelangkaan pada tumbuhan menggunakan penanda mat-K secara in silico. Gen mat-K merupakan penanda umum yang direkomendasikan untuk analisis pada tumbuhan. Metode yang digunakan yaitu dengan pendekatan secara in silico karena waktu yang diperlukan relatif lebih singkat dan murah. Penelitian ini berhasil mendapatkan sepasang primer forward 1:F_1635–1657 dan primer reverse 1:R_2093–2113 dengan persentase keberhasilan amplifikasi yang dicapai sebesar 66%. Kedepannya, primer ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi status kelangkaan pada tumbuhan.AbstractIndonesia is a country with the highest biodiversity wealth in the world. There are around 40,000 types of plants that grow in Indonesia and most of the plants are rare. Determining the rarity of a plant type can be determined based on its population distribution, but it takes quite a long time. Genome instability will occur in rare plant species, because they are unable to adapt to the ecosystem. The large number of plants that are threatened with extinction and their natural habitats are damaged requires researchers to quickly identify the existence and collect data on the diversity of plant species in Indonesia. DNA barcoding is a technique developed to speed up and simplify the process of identifying organisms using certain pieces of DNA. The aim of this research is to look for specific primers to detect rarity status in plants using mat-K markers in silico. The mat-K gene is a general marker recommended for analysis in plants. The method used is an in silico approach because the time required is relatively shorter and cheaper. This research succeeded in obtaining a pair of forward primers 1:F_1635–1657 and reverse primers 1:R_2093–2113 with a successful amplification percentage of 66%. In the future, this primer can be used to identify rarity status in plants.