Infections du tractus urinaire à pathogènes émergents

Abstract

Les infections du tractus urinaire (ITU) sont la cause la plus importante d’infections bactériennes de nos jours avec une incidence annuelle globale aux alentours de 250 millions de cas. Pour mémoire, environ 50 % des femmes auront un épisode d’ITU dans leur vie. L’étiologie de ces infections a largement été étudiée durant les dernières décennies et seules quelques espèces bactériennes sont considérées comme étant de réels uropathogènes (ex. Escherichia coli, Proteus mirabilis, Staphylococcus saprophyticus…). Cependant, l’avènement des nouvelles techniques d’identifications bactériennes et leurs applications de plus en plus importantes, comme la spectrométrie de masse MALDI-TOF, ou encore l’utilisation de plus en plus aisée du séquençage entier de génomes, de nombreuses espèces bactériennes préalablement considérées comme des contaminants ou comme appartenant à la flore, sont désormais retrouvées dans les échantillons d’urines, identifiées et étudiées. C’est ainsi que de nouvelles espèces uropathogènes ont émergé, comme Actinotignum (anciennement Actinobaculum) schaalii, Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola ou encore Alloscardovia omnicolens. Ces espèces sont souvent peu étudiées et peu connues par la plupart des bactériologistes et des cliniciens alors que leurs prévalences dans les ITU peuvent être non négligeables chez les patients âgés, en cas de prédispositions urologiques ou de certaines comorbidités. Ce travail a pour but d’éclaircir les connaissances de la communauté médicale concernant ces nouveaux germes uropathogènes émergents.

Urinary tract infections (UTIs) are considered to be the most common bacterial infection with a global incidence of 250 millions per year. Of note, about 50% of adult women will have an UTI in their life. Bacterial etiology of UTIs has been regarded as well established and reasonably consistent and only a few bacterial species have been considered as actual uropathogens (e.g. Escherichia coli, Proteus mirabilis, Staphylococcus saprophyticus…). However, with the increase use of novel bacterial identification methods such as MALDI-TOF mass spectrometry or whole-genome sequencing, several bacterial species, previously considered as contaminants or endogenous flora, are now found in urine samples, correctly identified and well-studied. Thus, new uropathogens bacterial species have emerged, such as Actinotignum (formerly Actinobaculum) schaalii, Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola or Alloscardovia omnicolens. The knowledge of physicians and microbiologists, concerning the clinical significance of these species is poor, whereas their prevalence in UTIs is likely important in the elderly and in patients with urological underlying conditions or comorbidities. The aim of this study is to update the knowledge of medical community concerning these emerging uropathogens.