Analyse génétique tumorale : intérêt, principales indications et risque d’identification de variants constitutionnels

Abstract

L’identification de variants génétiques somatiques par séquençage de nouvelle génération sur prélèvements tumoraux guide de plus en plus la prise en charge des patients atteints de cancers, avec l’identification de potentielles cibles thérapeutiques. Cette analyse est recommandée en première intention pour de nombreux cancers comme les cancers coliques métastatiques, les cancers du sein, de l’ovaire, les mélanomes ou encore les cancers pulmonaires. Pour d’autres localisations tumorales, ces analyses peuvent être recommandées en seconde intention ou après épuisement de l’ensemble des ressources thérapeutiques conventionnelles. Le séquençage du matériel génétique tumoral peut conduire à l’identification d’un variant constitutionnel prédisposant au cancer. Le risque de retrouver une anomalie constitutionnelle prédisposant au cancer est estimé de 2 % à 10 %, quel que soit le cancer, en fonction des séries publiées. Différentes situations en analyses tumorales peuvent faire suspecter un variant constitutionnel pathogène et nécessitent d’informer les patients.

The identification of somatic variants by next-generation sequencing on tumor samples is increasingly guiding the management of patients with cancers in clinical routine with the identification of potential personalized treatments. This molecular analysis are recommended at the beginning of the treatment for certain cancers such as metastatic colon cancers, breast cancers, ovarian cancers, melanomas and lung cancers. For other tumor locations, these analyzes may be recommended in second intention or after exhaustion of all conventional therapeutic resources. Sequencing tumor genetic material may lead to the identification of a constitutional variant predisposing to cancer. Tumor sequencing can lead to the identification of a germline variant predisposing to cancer. The risk to identify a tumor-predisposing variant is estimated from 2% to 10%, whatever the subtype of cancer. Different situations may suggest that a pathogenic germline variant should be suspected and an information should be provided to patients.