Results of the search for rare mutations in the analysis of the entire sequence of the PAH gene

Abstract

Фенилкетонурия (ФКУ) - распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания. Phenylketonuria (PKU) is a common, autosomal recessive hereditary disorder of phenylalanine hydroxylase caused by pathogenic PAH gene variants. After routine genetic analysis methods were applied, approximately 2% of PKU patients were not diagnosed. In this study, the search of nucleotide replacements were performed in noncoding and regulatory regions of PAH gen via NGS.The variant c.706+521G>C was found deep in intron 6, which in silico predicted the effect on splicing of the PAH gene. Thereby this study supplements current knowledge of PAH genotypes and show that deep intronic analysis of PAH can genetically diagnose PKU.