Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri (Apium graveolens) Sebagai Inhibitor Angiotensin-Converting Enzyme 2 Secara In Silico

JURNAL AGROINDUSTRI HALAL Pub Date : 2023-04-30 DOI:10.30997/jah.v9i1.6753

Fadillah Yudha Syahrul, M. Kurniawan, Titi Rohmayanti

{"title":"Potensi Senyawa Ekstrak Tanaman Seledri (Apium graveolens) Sebagai Inhibitor Angiotensin-Converting Enzyme 2 Secara In Silico","authors":"Fadillah Yudha Syahrul, M. Kurniawan, Titi Rohmayanti","doi":"10.30997/jah.v9i1.6753","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Covid-19 disebabkan oleh masuknya virus CoronaVirus 2 (SARS CoV2) yang dapat berinteraksi dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Interaksi virus dan reseptor ini dapat diganggu dengan menghambat enzim ACE2. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki potensi ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 menggunakan uji Lipinski dan molekular docking berdasarkan Gibbs binding free energy (∆G), root mean square deviation (RMSD) dan interaksi residu asam amino. Dari 20 senyawa dalam ekstrak seledri, 14 senyawa memenuhi lima aturan Lipinski, termasuk α-ionone, apigenin, caryophyllene, β-selenium, nerol, cis-carveol, linalool, cis-dihydrocarvone, P-mentha-2, 8-dien -1-ol, P -mentha-trans-2,8-dien-1-ol, limonene, β-cymene, β-mycene, trans-caryophyllene. Hasil docking ditemukan 14 senyawa dari ekstrak seledri, ditemukan enam senyawa yang berpotensi sebagai penghambat ACE2 berdasarkan energi bebas Gibbs (∆G), nilai RMSD, dan residu asam amino yang berkontribusi terhadap interaksi hidrofobik dan pembentukan ikatan hydrogen yang hampir lebih baik daripada ligan validasi 4 termasuk limonene, apigenin, cis-carveol, P-mentha-trans-2,8-dien-1-ol, α-ionone, dan P-mentha-2,8-dien-1-ol. Senyawa terbaik dalam ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 adalah limonene. Secara umum, senyawa ekstrak seledri dapat menghambat interaksi antara ACE2 dan SARS CoV2.","PeriodicalId":178436,"journal":{"name":"JURNAL AGROINDUSTRI HALAL","volume":"254 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-04-30","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"JURNAL AGROINDUSTRI HALAL","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.30997/jah.v9i1.6753","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 0

Abstract

Covid-19 disebabkan oleh masuknya virus CoronaVirus 2 (SARS CoV2) yang dapat berinteraksi dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). Interaksi virus dan reseptor ini dapat diganggu dengan menghambat enzim ACE2. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki potensi ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 menggunakan uji Lipinski dan molekular docking berdasarkan Gibbs binding free energy (∆G), root mean square deviation (RMSD) dan interaksi residu asam amino. Dari 20 senyawa dalam ekstrak seledri, 14 senyawa memenuhi lima aturan Lipinski, termasuk α-ionone, apigenin, caryophyllene, β-selenium, nerol, cis-carveol, linalool, cis-dihydrocarvone, P-mentha-2, 8-dien -1-ol, P -mentha-trans-2,8-dien-1-ol, limonene, β-cymene, β-mycene, trans-caryophyllene. Hasil docking ditemukan 14 senyawa dari ekstrak seledri, ditemukan enam senyawa yang berpotensi sebagai penghambat ACE2 berdasarkan energi bebas Gibbs (∆G), nilai RMSD, dan residu asam amino yang berkontribusi terhadap interaksi hidrofobik dan pembentukan ikatan hydrogen yang hampir lebih baik daripada ligan validasi 4 termasuk limonene, apigenin, cis-carveol, P-mentha-trans-2,8-dien-1-ol, α-ionone, dan P-mentha-2,8-dien-1-ol. Senyawa terbaik dalam ekstrak seledri sebagai penghambat ACE2 adalah limonene. Secara umum, senyawa ekstrak seledri dapat menghambat interaksi antara ACE2 dan SARS CoV2.

查看原文本刊更多论文

Covid-19是由科罗娜病毒2（SARS CoV2）引起的，该病毒可与血管紧张素转换酶2（ACE2）受体相互作用。可以通过抑制 ACE2 酶来破坏病毒与该受体的相互作用。本研究的目的是利用基于吉布斯结合自由能（ΔG）、均方根偏差（RMSD）和氨基酸残基相互作用的李宾斯基试验和分子对接，研究芹菜提取物作为 ACE2 抑制剂的潜力。在芹菜提取物中的20个化合物中，有14个化合物符合Lipinski的五条规则，包括α-酮、芹菜素、叶黄素、β-硒、橙花醇、顺式-香芹醇、芳樟醇、顺式-二氢香芹酮、P-薄荷-2,8-二烯-1-醇、P-薄荷-反式-2,8-二烯-1-醇、柠檬烯、β-胸腺烯、β-霉烯、反式-叶黄素。根据吉布斯自由能（ΔG）、RMSD值以及有助于疏水相互作用和氢键形成的氨基酸残基，发现芹菜提取物中有14个化合物具有潜在的ACE2抑制作用，其中包括柠檬烯、芹菜苷、顺式香芹酚、P-薄荷-反式-2,8-二烯-1-醇、α-葱酮和P-薄荷-2,8-二烯-1-醇。芹菜提取物中抑制 ACE2 的最佳化合物是柠檬烯。总的来说，芹菜提取物中的化合物可以抑制 ACE2 与 SARS CoV2 之间的相互作用。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

求助全文

约1分钟内获得全文求助全文

来源期刊

JURNAL AGROINDUSTRI HALAL

自引率

0.00%

发文量