DESCRIPTION, CHARACTERISTIC AND ALGORITHM FOR CREATION OF A DICTIONARY OF CELL TYPES AND TISSUES IN THE GTRD DATABASE

Abstract

База данных GTRD (http://gtrd.biouml.org) содержит информацию по сайтам связывания транскрипционных факторов и участкам открытого хроматина. Клеточные типы и ткани, представленные в GTRD, были: 1) упорядочены в единый словарь (3954 записей); 2) разделены на 90 уникальных кластеров; 3) 3225 записей были сопоставлены с основными существующими базами данных клеточных типов; 4) использованы для сопоставления экспериментов с базами данных по регуляции транскрипции: 588 для FANTOM 5, 5962 для ENCODE и 21720 для GTEx. The GTRD database (http://gtrd.biouml.org) contains information on transcription factor binding sites and open chromatin. The cell types and tissues presented in the GTRD: 1) were arranged in a single dictionary (3954 entries) 2) were divided into 90 unique clusters 3) 3225 records were compared with main databases of cell types 4) were used to match experiments with the databases of transcription regulation: 588 for FANTOM 5, 5962 for ENCODE and 21720 for GTEx.