FARKLI SU KAYNAKLARINDAN İZOLE EDİLEN ACANTHAMOEBA TÜRLERİNİN MOLEKÜLER PREVALANSI VE GENOTİPLERİNİN BELİRLENMESİ

Abstract

Bu çalışma, farklı su kaynaklarından elde edilmiş Acanthamoeba türlerinin moleküler prevalanslarının saptanması ve 18S rRNA gen bölgesine göre filogenetik karakterlerinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmada, Sinop ve Ordu yörelerindeki çeşme suyu, havuz suları, kaplıca ve göllerden 80 örnek toplanmıştır. Su örneklerinin kültür ortamında üretilmesini takiben, DNA izolasyonu ve PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. 18S rRNA gen bölgesi yönünden pozitif belirlenen amplikonlar klonlanmış ve plazmid pürifikasyonu yapılmıştır. Plazmidler vektör spesifik primerlerle sekanslanarak hedef dizilimler elde edilmiştir. İlgili sekanslarla birlikte GenBank veri tabanında kayıtlı benzer izolatları içeren toplam 31 sekanslık veri seti oluşturulmuştur. Çalışmada, Sinop yöresinde %17,1, Ordu yöresinden %20 Acanthamoeba pozitifliği tespit edilmiştir. Filogenetik incelemelerde, elde edilen Acanthamoeba izolatlarının Türkiye’den ve dünyadan rapor edilen T4 genotipine ait izolatlarla aynı kümede kümelendikleri görülmüştür. İzolatlar arasında iki haplotip saptanmış ve ortalama haplotip diversitesi 0,682±0,084 olarak belirlenmiştir. 18S rRNA veri setinde, TRERUAcantha1 ve TRERUAcantha2 haplotiplerinin de bulunduğu T4 genotipindeki tüm izolatların %100 identik oldukları belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde T4 genotipindeki izolatların monofiletik yapılanma gösterdiği saptanmıştır. T4 genotipinde oldukları saptanan izolatlarımızın %99,9 ile Almanya’da kontakt lensten izole edilen ve T13 genotipinde yer alan KaBo (KJ476522) izolatıyla en yakın benzerliği gösterdiği görülmüştür.