ANALYSIS OF NGS DATA ON THE TRANSCRIPTIONAL REGULATION

Abstract

База данных GTRD (http://gtrd.biouml.org) содержит более 30000 единообразно обработанных NGS экспериментов по регуляции транскрипции (СhIP-seq, ChIP-exo, DNaseseq, ATAC-seq, MNase-seq и FAIRE-seq). Для обработки этих типов данных были разработаны сценарии для системы управления распределенными вычислениями eGrid и платформы BioUML. The GTRD database (http://gtrd.biouml.org) contains over 30,000 uniformly processed NGS experiments on transcriptional regulation (ChIP-seq, ChIP-exo, DNase-seq, ATAC-seq, MNase-seq and FAIRE-seq). To process these types of data, pipelines have been developed for the eGrid distributed computing management system and the BioUML platform.