Studi Penambatan Molekuler dan Prediksi ADMET Senyawa Bioaktif Beberapa Jamu Indonesia terhadap SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro)

Abstract

Coronavirus jenis baru SARS-CoV-2 terus meyebabkan penyakit pernapasan, yang dikenal dengan Coronavirus Disease-2019 (COVID-19). COVID-19 dianggap sebagai penyakit pademi global terbesar pada tahun 2020 dan terapi antiviral COVID-19 masih kurang di seluruh dunia. Penelitian saat ini masih berusaha untuk menemukan terapi potensial untuk penyakit tersebut, termasuk dari senyawa alami. Oleh karena itu, penting untuk mengetahui senyawa herbal apa yang paling efektif untuk melawan virus tersebut. Jamu merupakan obat tradisional yang berasal dari tumbuhan herbal di Indonesia dan memiliki beberapa khasiat obat. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk menemukan potensi jamu Indonesia dalam terapi COVID-19. Sebanyak 283 senyawa bioaktif dari jamu Indonesia disaring melalui penapisan berdasarkan parameter Lipinski’s Rule of Five dan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Eksreksi, dan Toksisitas) menggunakan ProTox-II dan SwissADME. Sebanyak 12 senyawa hasil penapisan kemudian dilanjutkan untuk diuji melalui penambatan molekuler terhadap SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) menggunakan AutoDock Vina. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Kurkuminol D memiliki energi bebas ikatan (ΔG); sebesar -6,9 kkal/mol; dan konstanta inhibisi (Ki); sebesar 2,99 µM; terendah dibandingkan senyawa hasil penapisan lainnya. Namun, tidak ada senyawa hasil penapisan yang memiliki ΔG lebih rendah daripada ΔG kedua kontrol positif, yaitu sebesar –8,2 kkal/mol (Lopinavir) dan –7,8 kkal/mol (Ritonavir). Walaupun 271 senyawa lain tidak memenuhi syarat dalam penapisan, senyawa tersebut mungkin saja memiliki potensial yang lebih tinggi daripada obat standar. Oleh karena itu, penelitian ini dapat menjadi titik awal dalam proses pengembangan obat terapi COVID-19 dari senyawa alami.