Nature Communications | 沈其荣院士团队利用AI突破三代宏基因组分箱的共性关键技术

本研究针对环境微生物组中物种复杂、未知微生物多、高质量基因组难获取等共性难题，开发了基于人工智能的三代宏基因组长读分箱工具LorBin。该工具通过多尺度自适应聚类和评估方法，采用变分自编码器训练、两阶段迭代聚类算法、循环分箱质量评估模型以及Transformer与统计概率模型相结合的技术，有效提升了基因组重构的质量和数量。基准测试表明，LorBin在分箱质量、稀有物种捕获能力和运行效率上均优于现有工具，能高效识别致病菌及耐药基因，为微生物组研究提供了新技术支撑。