bioRxiv｜华盛顿大学David Baker等：全原子生物分子相互作用从头设计

背景：深度学习在蛋白质设计中取得进展，但多数方法局限于主链生成，忽视与其他生物分子的相互作用。研究目的：开发RFdiffusion3模型，通过原子级扩散过程，在配体、核酸等非蛋白质环境中生成蛋白质结构，以解决酶设计和复杂约束问题。结论：RFD3在计算机模拟中优于现有方法，计算成本降低90%，实验验证了DNA结合蛋白和半胱氨酸水解酶设计的成功，拓展了蛋白质功能设计范围。