Nat Chem Biol｜RFpeptides：精准设计高亲和力蛋白结合大环分子

背景：大环分子作为介于小分子和蛋白质之间的治疗手段，具有调控传统方法难以触及靶点的潜力，但传统开发方法依赖天然产物发现或高通量筛选，存在资源消耗大、结构控制精度不足等问题。研究目的：开发基于深度学习的大环分子从头设计方法RFpeptides，实现针对特定蛋白靶点的高亲和力结合大环分子的精准设计。结论：RFpeptides成功针对MCL1、MDM2、GABARAP和RbtA四种蛋白设计出中等到高亲和力的大环结合物，其中对GABARAP和RbtA的亲和力达到纳摩尔级，且晶体结构验证显示与设计模型高度一致，证明该方法可实现不依赖已知配体信息的完全从头设计。