bioRxiv｜字节跳动Seed团队：快速、模块化且高精度的蛋白质结合物从头设计方法PXDesign

背景：蛋白质结合物设计面临生成与筛选环节的挑战，现有方法缺乏统一评估框架，且筛选环节依赖的评分指标（如pLDDT）普适性不足。研究目的：字节跳动Seed团队提出PXDesign框架，系统对比扩散生成与幻觉优化方法，并评估多种结构预测工具的筛选策略，旨在构建高命中率设计流程。结论：PXDesign在六个靶点上实现20%-73%的纳摩尔级结合率，显著优于基线方法，其扩散模型在通量和多样性上优势明显，且验证了向核酸、小分子等模态的零样本扩展能力。