吉林大学朱有亮团队MGE Adv.：PyGAMD-基于Python的GPU加速分子动力学软件

本文介绍了吉林大学朱有亮团队开发的PyGAMD，一个基于Python的GPU加速分子动力学软件。该软件专为聚合物等软物质设计，集成了多尺度模型、方法和力场，并支持用户自定义势能函数。PyGAMD通过Python的Numba库和CUDA实现了较高的GPU计算效率，并在易用性和灵活性方面具有明显优势。性能对比显示，PyGAMD在DPD与GEM模拟体系上的计算效率虽不如C++版本的GALAMOST，但在粗粒化模拟中与GROMACS的结果高度吻合，甚至在某些情况下性能更优。此外，PyGAMD支持基于DeePMD-kit训练的机器学习力场，能够获得可靠且精细的分子动力学结果。