Nat Commun｜AlphaFold2助力环肽结构预测与理性设计

本文介绍了一种名为AfCycDesign的深度学习方法，该方法利用AlphaFold2进行环肽结构预测、序列重设计和全新构建。环肽因其结构稳定性和耐酶性在治疗领域具有潜力，但传统设计方法计算成本高且效率低。AfCycDesign通过修改AlphaFold2的输入编码方式，成功预测并设计了大量结构多样的环肽，其预测结构与实验验证结果高度一致（RMSD<1.0Å）。此外，该方法还设计出对MDM2和Keap1具有纳摩尔级结合活性的环肽。AfCycDesign为靶向蛋白的定制化肽类药物开发提供了新工具，展示了深度学习在环肽设计中的强大潜力。