JCIM｜北京大学来鲁华课题组：使用DiffPepBuilder进行多肽配体的从头设计

北京大学来鲁华课题组开发了一种名为DiffPepBuilder的生成模型，用于多肽配体的从头设计。该模型基于SE(3)-等变扩散模型，能够从已知的蛋白-蛋白复合物界面数据中生成结合多肽的结构和序列，并在结构中引入二硫键以稳定多肽构象。研究结果表明，DiffPepBuilder在重现已知蛋白-多肽复合物中的多肽配体方面表现优异，并且在从头设计多肽配体时，其生成的多肽配体在结合自由能和结构多样性方面优于现有方法。此外，通过引入SSBuilder模块，DiffPepBuilder能够在生成的多肽配体中构建二硫键，进一步稳定其结合构象并增强亲合性。该研究为多肽配体的设计提供了新的工具和方法，具有重要的应用前景。