QSAR平台程序开发的技术诀窍不是

Japanese journal of environmental toxicology Pub Date : 2008-07-30 DOI:10.11403/JSET.11.33

Y. Yoshioka

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引用次数: 1

摘要

1.首先，在结构活性相关(SAR)中，需要根据特异性部分结构的有无及其数量来决定类别，制作logPow等二阶参数。因此，在定性或定量的活性估计程序中，最重要也是最困难的部分就是从问题化学物质中提取各种子结构并计数的程序。SAR程序本身就可以使用，即使公开了描述部分结构的方法，其计数程序的详细情况也几乎没有公开。计数方法是各开发者的专有技术，通过保留该技术可以保持开发优势。PAS(Platform for Assessment from Structure, Platform for Assessment from Structure)是通过像树一样构造直线结构来指定化学物质的结构。解释这个指定，计数问题构造中的那个子结构的方法是Fragment Identification by Tree Structure命名，并就该方法的秘诀进行报告。

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Know-How in the Development of a Program for QSAR Platform; PAS

1.はじめに構造活性相関(SAR)においては,特異的部分構造の有無やその数から,カテゴリーを決定したり,logPow等の2次的パラメータを作成する必要がある。そのため,定性的あるいは定量的な活性推定プログラムにおいて最も重要でかつ困難な部分が,問題とする化学物質から各種部分構造を抽出して数えるプログラムである。 SARプログラム自身が利用でき,部分構造を記述する方法が公開されていても,その数え方のプログラムの詳細はほとんど公開されていない。数え方は,各開発者のノウハウであり, それを保持することにより開発の優位性を保つことができる。PAS(Platform for Assessment from Structure)においては,直線的構造を木構造のように組み立てることによって化学物質の構造を指定する。この指定を解釈して問題構造中のその部分構造を数える方法をF I TS (Fragment Identification by Tree Structure)と名付け,その方法のノウハウに関して報告する。

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Japanese journal of environmental toxicology

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