Pratiques de protection des cultures en agroécosystèmes tropicaux et risques de maladies humaines et animales d’origine bactérienne

Une revue bibliographique récente montre que les pratiques de protection agroécologique des cultures (PAEC) contre les ravageurs, pathogènes et adventices, réduisent généralement les risques zoonotiques viraux en santé publique et vétérinaire, alors que les pratiques conventionnelles (à base agrochimique) tendent à les augmenter. Nous avons analysé la littérature scientifique pour déterminer si ces conclusions pouvaient être élargies aux infections bactériennes, avec focus sur les agroécosystèmes tropicaux. En santé publique et vétérinaire, les principales infections bactériennes impactées par des pratiques de protection des cultures sont celles ayant pour réservoirs des rongeurs (avec arthropodes vecteurs, comme la peste, ou pas, comme la leptospirose), et les maladies à entérobactéries (e.g., Salmonella) et autres bactéries opportunistes (e.g., Pseudomonas). La problématique d’antibiorésistance en santé publique est peu affectée par les pratiques de protection des cultures conventionnelles. Des pratiques relevant de la substitution aux intrants de synthèse (variétés résistantes aux attaques de rongeurs ou à la colonisation par des entérobactéries ; pesticides minéraux; solarisation) peuvent se traduire par une réduction plus importante du risque sanitaire que certaines pratiques relevant de la reconception des agroécosystèmes (push-pull ; intégration agriculture-élevage). Toutefois, vu ses effets vertueux en termes de réduction des pollutions, conservation de la biodiversité et résilience climatique, la PAEC, basée sur la reconception, contribue, à des échelles spatiotemporelles supérieures, à la réduction du risque sanitaire lié aux infections bactériennes. Les impacts des pratiques de protection des cultures, basées sur l’amélioration de l’efficience des pratiques conventionnelles, sur la substitution ou sur la reconception, sur les risques d’infection bactérienne en santé publique et vétérinaire, sont sensiblement différents de ceux observés avec les risques zoonotiques viraux. Des recherches sont encore nécessaires pour concilier, dans une perspective « Une seule santé », les trois types de pratiques, afin de réduire les risques sanitaires liés aux maladies infectieuses autant à bactéries qu’à virus, parasites (protozoaires et vers) ou champignons.