P. Šmarda, Ondřej Knápek, Alexandra Březinová, L. Horová, V. Grulich, J. Danihelka, P. Veselý, J. Šmerda, O. Rotreklová, P. Bureš
{"title":"捷克1700种维管植物群的基因组大小和基因组鸟嘌呤+胞嘧啶(GC)含量的新估计","authors":"P. Šmarda, Ondřej Knápek, Alexandra Březinová, L. Horová, V. Grulich, J. Danihelka, P. Veselý, J. Šmerda, O. Rotreklová, P. Bureš","doi":"10.23855/PRESLIA.2019.117","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jadrech buněk (velikost genomu) a bazove složeni DNA (GC obsah) jsou zakladni genomicke parametry, ktere lze měřit pomoci průtokove cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidni uroveň mohou ovlivňovat cetne vlastnosti rostlin, a proto se uvaději v modernich biologických florach a databazich biologických vlastnosti druhů. Velikost genomu se dosud měři převažně pro biosystematicke ucely a navzdory velkemu rozvoji průtokove cytometrie v Ceske republice tato informace pro mnohe druhy ceske květeny chybi. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatim meně jasný, navic se měři obtižněji, a proto jej nezname u velke větsiny druhů. V teto praci přinasime měřeni obou genomických parametrů pro větsinu cevnatých rostlin ceske květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprve uvedena pro vice než 1000 druhů a obsah GC bazi poprve pro vice než 1500 druhů, což vice než zdvojnasobuje množstvi dosud znamých udajů o obsahu GC bazi u cevnatých rostlin. Spolu s dřive uveřejněnými udaji ziskanými v nasi laboratoři na stejných přistrojich a stejnou metodikou jsou tak tyto udaje dostupne pro 1910 druhů ceske květeny (~83 % soucasne flory bez apomiktů, přechodně zavlecných a vyhynulých druhů). Tyto udaje jsou uspořadany do tabulky a doplněny udaji o poctu chromozomů, ploidni urovni a vypoctene monoploidni velikosti genomu. V clanku přinasime popisnou analýzu tohoto datoveho souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcich. Tento přehled představuje největsi a nejuplnějsi soubor genomických dat pro květenu jednoho statu. Zde prezentovane výsledky tvoři zaklad karyologicke casti ceske databaze druhových vlastnosti Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologickeho významu obou měřených genomických parametrů.","PeriodicalId":20501,"journal":{"name":"Preslia","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":4.4000,"publicationDate":"2019-06-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"39","resultStr":"{\"title\":\"Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species\",\"authors\":\"P. Šmarda, Ondřej Knápek, Alexandra Březinová, L. Horová, V. Grulich, J. Danihelka, P. Veselý, J. Šmerda, O. Rotreklová, P. Bureš\",\"doi\":\"10.23855/PRESLIA.2019.117\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jadrech buněk (velikost genomu) a bazove složeni DNA (GC obsah) jsou zakladni genomicke parametry, ktere lze měřit pomoci průtokove cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidni uroveň mohou ovlivňovat cetne vlastnosti rostlin, a proto se uvaději v modernich biologických florach a databazich biologických vlastnosti druhů. Velikost genomu se dosud měři převažně pro biosystematicke ucely a navzdory velkemu rozvoji průtokove cytometrie v Ceske republice tato informace pro mnohe druhy ceske květeny chybi. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatim meně jasný, navic se měři obtižněji, a proto jej nezname u velke větsiny druhů. V teto praci přinasime měřeni obou genomických parametrů pro větsinu cevnatých rostlin ceske květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprve uvedena pro vice než 1000 druhů a obsah GC bazi poprve pro vice než 1500 druhů, což vice než zdvojnasobuje množstvi dosud znamých udajů o obsahu GC bazi u cevnatých rostlin. Spolu s dřive uveřejněnými udaji ziskanými v nasi laboratoři na stejných přistrojich a stejnou metodikou jsou tak tyto udaje dostupne pro 1910 druhů ceske květeny (~83 % soucasne flory bez apomiktů, přechodně zavlecných a vyhynulých druhů). Tyto udaje jsou uspořadany do tabulky a doplněny udaji o poctu chromozomů, ploidni urovni a vypoctene monoploidni velikosti genomu. V clanku přinasime popisnou analýzu tohoto datoveho souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcich. Tento přehled představuje největsi a nejuplnějsi soubor genomických dat pro květenu jednoho statu. Zde prezentovane výsledky tvoři zaklad karyologicke casti ceske databaze druhových vlastnosti Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologickeho významu obou měřených genomických parametrů.\",\"PeriodicalId\":20501,\"journal\":{\"name\":\"Preslia\",\"volume\":null,\"pages\":null},\"PeriodicalIF\":4.4000,\"publicationDate\":\"2019-06-01\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"39\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Preslia\",\"FirstCategoryId\":\"99\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.23855/PRESLIA.2019.117\",\"RegionNum\":2,\"RegionCategory\":\"生物学\",\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"Q1\",\"JCRName\":\"PLANT SCIENCES\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Preslia","FirstCategoryId":"99","ListUrlMain":"https://doi.org/10.23855/PRESLIA.2019.117","RegionNum":2,"RegionCategory":"生物学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q1","JCRName":"PLANT SCIENCES","Score":null,"Total":0}
Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species
Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jadrech buněk (velikost genomu) a bazove složeni DNA (GC obsah) jsou zakladni genomicke parametry, ktere lze měřit pomoci průtokove cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidni uroveň mohou ovlivňovat cetne vlastnosti rostlin, a proto se uvaději v modernich biologických florach a databazich biologických vlastnosti druhů. Velikost genomu se dosud měři převažně pro biosystematicke ucely a navzdory velkemu rozvoji průtokove cytometrie v Ceske republice tato informace pro mnohe druhy ceske květeny chybi. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatim meně jasný, navic se měři obtižněji, a proto jej nezname u velke větsiny druhů. V teto praci přinasime měřeni obou genomických parametrů pro větsinu cevnatých rostlin ceske květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprve uvedena pro vice než 1000 druhů a obsah GC bazi poprve pro vice než 1500 druhů, což vice než zdvojnasobuje množstvi dosud znamých udajů o obsahu GC bazi u cevnatých rostlin. Spolu s dřive uveřejněnými udaji ziskanými v nasi laboratoři na stejných přistrojich a stejnou metodikou jsou tak tyto udaje dostupne pro 1910 druhů ceske květeny (~83 % soucasne flory bez apomiktů, přechodně zavlecných a vyhynulých druhů). Tyto udaje jsou uspořadany do tabulky a doplněny udaji o poctu chromozomů, ploidni urovni a vypoctene monoploidni velikosti genomu. V clanku přinasime popisnou analýzu tohoto datoveho souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcich. Tento přehled představuje největsi a nejuplnějsi soubor genomických dat pro květenu jednoho statu. Zde prezentovane výsledky tvoři zaklad karyologicke casti ceske databaze druhových vlastnosti Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologickeho významu obou měřených genomických parametrů.
期刊介绍:
Preslia is a peer-reviewed scientific journal publishing original research papers on plant systematics, morphology, phytogeography, ecology and vegetation science, with a geographical focus on central Europe. The journal was founded in 1914 and named in honour of brothers Jan Svatopluk Presl (1791–1849) and Karel Bořivoj Presl (1794–1852), outstanding Bohemian botanists. It is published quarterly by the Czech Botanical Society.