Atim Febry Masula, D. Puspitasari, Eili Supriatin S.W, Khoirul Ummah, Dinik Rokhmatin, M. M. Mubarrok, Ajheng Triyuni Hariza, I. Isnawati, E. R. Purnama
{"title":"副代谢化合物Lantana camara作为COX-1酶的消炎药","authors":"Atim Febry Masula, D. Puspitasari, Eili Supriatin S.W, Khoirul Ummah, Dinik Rokhmatin, M. M. Mubarrok, Ajheng Triyuni Hariza, I. Isnawati, E. R. Purnama","doi":"10.19109/biota.v4i2.2172","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Lantana camara mengandung beberapa jenis flavonoid seperti Umuhengerin, Lantadene A, Lantadene B, Ictero -genin. Salah satu mekanisme kerja flavonoid sebagai antiinflammatoryis dengan menghambat ceptor siklooksigenase (COX). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui afinitas senyawa flavonoid yang terkandung dalam L. camara dengan reseptor COX-1 sebagai antiinflamasi dan untuk mengetahui ikatan hidrogen yang dapat dibentuk dengan metode molecular docking. Pengujian in silico dilakukan berdasarkan metode desain obat yang dibantu komputer. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini, perangkat lunak PyRx, perangkat lunak PyMol, Pubchem (senyawa database), PDB (Protein Data Bank), dan Po-seView. Berdasarkan hasil docking dan pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa Icterogenin com-pound dan senyawa Umuhengerin adalah senyawa yang paling efektif dalam proses antiinflamasi, Icterogenin com-pound memiliki nilai RMSD 41,1 Å dan nilai afinity mengikat -8,8 dan senyawa Umuhengerin memiliki val-ue RMSD 1, 61 Å dan nilai afinitas pengikatan -8.0. Ini menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki nilai RMSD dari senyawa Icterogenin. Namun, senyawa Icterogenin memiliki ikatan hidrogen yang lebih kuat dan lebih efisien daripada senyawa Umuhengerin karena nilai afinitas pengikatan terendah.","PeriodicalId":31624,"journal":{"name":"Jurnal Biota","volume":"109 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-09-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":"{\"title\":\"DOCKING MOLEKULER SENYAWA METABOLIT SEKUNDER Lantana camara SEBAGAI ANTIINFLAMASI TERHADAP ENZIM COX-1\",\"authors\":\"Atim Febry Masula, D. Puspitasari, Eili Supriatin S.W, Khoirul Ummah, Dinik Rokhmatin, M. M. Mubarrok, Ajheng Triyuni Hariza, I. Isnawati, E. R. Purnama\",\"doi\":\"10.19109/biota.v4i2.2172\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Lantana camara mengandung beberapa jenis flavonoid seperti Umuhengerin, Lantadene A, Lantadene B, Ictero -genin. Salah satu mekanisme kerja flavonoid sebagai antiinflammatoryis dengan menghambat ceptor siklooksigenase (COX). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui afinitas senyawa flavonoid yang terkandung dalam L. camara dengan reseptor COX-1 sebagai antiinflamasi dan untuk mengetahui ikatan hidrogen yang dapat dibentuk dengan metode molecular docking. Pengujian in silico dilakukan berdasarkan metode desain obat yang dibantu komputer. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini, perangkat lunak PyRx, perangkat lunak PyMol, Pubchem (senyawa database), PDB (Protein Data Bank), dan Po-seView. Berdasarkan hasil docking dan pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa Icterogenin com-pound dan senyawa Umuhengerin adalah senyawa yang paling efektif dalam proses antiinflamasi, Icterogenin com-pound memiliki nilai RMSD 41,1 Å dan nilai afinity mengikat -8,8 dan senyawa Umuhengerin memiliki val-ue RMSD 1, 61 Å dan nilai afinitas pengikatan -8.0. Ini menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki nilai RMSD dari senyawa Icterogenin. Namun, senyawa Icterogenin memiliki ikatan hidrogen yang lebih kuat dan lebih efisien daripada senyawa Umuhengerin karena nilai afinitas pengikatan terendah.\",\"PeriodicalId\":31624,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Biota\",\"volume\":\"109 1\",\"pages\":\"\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2018-09-20\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"1\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Biota\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.19109/biota.v4i2.2172\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Biota","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.19109/biota.v4i2.2172","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 1
摘要
Lantana camara含有多种类黄酮,如Umuhengerin, Lantadene A, Lantadene B, Ictero -genin。黄酮作为抗炎药物的一种工作机制,通过抑制氧化剂的感受器(考克斯)。研究的目的是确定卡马拉海葵中含有COX-1受体作为抗炎症剂的化合物亲和力,并了解可以用分子对接法形成的氢键。二氧化硅的测试是根据计算机辅助药物的设计方法进行的。本研究使用的工具包括PyRx软件、PyMol软件、Pubchem(数据库的化合物)、gdp(银行的蛋白质数据)和poseview。根据上述对接研究和讨论的结果,我们可以得出结论,ictrogenin com-pound和一般营养素是消化道中最有效的化合物,ictrogenin comerin的价值为41.1这表明该化合物具有ictergenin化合物的RMSD值。然而,icrygenin的化合物比普通化合物更强、更有效,因为它的亲和力是最低的。
DOCKING MOLEKULER SENYAWA METABOLIT SEKUNDER Lantana camara SEBAGAI ANTIINFLAMASI TERHADAP ENZIM COX-1
Lantana camara mengandung beberapa jenis flavonoid seperti Umuhengerin, Lantadene A, Lantadene B, Ictero -genin. Salah satu mekanisme kerja flavonoid sebagai antiinflammatoryis dengan menghambat ceptor siklooksigenase (COX). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui afinitas senyawa flavonoid yang terkandung dalam L. camara dengan reseptor COX-1 sebagai antiinflamasi dan untuk mengetahui ikatan hidrogen yang dapat dibentuk dengan metode molecular docking. Pengujian in silico dilakukan berdasarkan metode desain obat yang dibantu komputer. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini, perangkat lunak PyRx, perangkat lunak PyMol, Pubchem (senyawa database), PDB (Protein Data Bank), dan Po-seView. Berdasarkan hasil docking dan pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa Icterogenin com-pound dan senyawa Umuhengerin adalah senyawa yang paling efektif dalam proses antiinflamasi, Icterogenin com-pound memiliki nilai RMSD 41,1 Å dan nilai afinity mengikat -8,8 dan senyawa Umuhengerin memiliki val-ue RMSD 1, 61 Å dan nilai afinitas pengikatan -8.0. Ini menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki nilai RMSD dari senyawa Icterogenin. Namun, senyawa Icterogenin memiliki ikatan hidrogen yang lebih kuat dan lebih efisien daripada senyawa Umuhengerin karena nilai afinitas pengikatan terendah.