Mining_RNA系统的开发和验证

IF 0.2 Q4 COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS
Carlos Renan Moreira, C. Pacheco, Marcos Vinícius Pereira Diógenes, Cicília Raquel Maia Leite
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摘要

人类基因组测序为各种类型的研究和生物分析技术提供了深化,其中包括微阵列。发布这些研究的原始数据的需要推动了公共数据库的创建,在那里这些信息可以被索引和检索。这些数据库是转录组数据的重要来源,但不幸的是,它们最终没有得到充分利用。这项工作的目的是开发一个网络系统,用于转录组研究的数据挖掘,从存储在生物数据库基因表达综合(GEO)的微阵列,Mining_RNA。通过一步一步的可用性和一系列的过滤器,该系统可以拯救GEO数据,计算研究基因之间的差异表达,也可以对研究中的每个基因进行统计分析。通过与GEO2R软件对相同数据的评价(有效性约为98%)和原始研究(有效性大于90%)进行比较,验证了系统的有效性。Mining_RNA可以成为研究人员重新分析转录组研究的有力盟友,使一种新的方法来分析数据,并产生与现有工具一样可靠的结果。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
Desenvolvimento e validação do sistema Mining_RNA
O sequenciamento do genoma humano proporcionou o aprofundamento de diversos tipos de estudos e tecnologias de análise biológica, dentre estas, o microarranjo. A necessidade publicar os dados brutos dessas pesquisas impulsionou a criação de bancos de dados públicos onde essas informações pudessem ser indexadas e resgatadas. Essas bases são uma grande fonte de dados transcriptômicos que infelizmente acabam sendo subutilizadas. O objetivo deste trabalho foi o desenvolvimento de um sistema WEB para mineração de dados em estudos transcriptômicos a partir de microarranjos armazenados no banco de dados biológico Gene Expression Omnibus (GEO), o Mining_RNA. Através de uma usabilidade passo-a-passo juntamente com uma série de filtros o sistema possibilita resgatar dados do GEO, calcular a expressão diferencial entre os genes de um estudo, possibilitando ainda análises estatísticas para cada gene do estudo analisado. O sistema foi validado através da comparação com a avaliação dos mesmos dados com o software GEO2R (eficácia aproximada de 98%) e no estudo original (eficácia maior que 90%). Mining_RNA pode ser um forte aliado dos pesquisadores para a reanálise de estudos transcriptômicos, possibilitando uma nova forma de analisar os dados e gerando resultados tão confiáveis quanto ferramentas já consolidadas.
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