G. Hernandez, Fernando Chávez Maya, Edith Rojas Anaya, E. L. Rubio, Gary García Espinosa
{"title":"墨西哥产低致病性H5N2非典型禽流感病毒基因组分析","authors":"G. Hernandez, Fernando Chávez Maya, Edith Rojas Anaya, E. L. Rubio, Gary García Espinosa","doi":"10.21753/VMOA.3.2.363","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"espanolWe analysed the genome of a low-pathogenic avian H5N2 influenza virus isolated from the faeces of experimentally infected Pekin ducks and Leghorn-type chickens to determine its origin and molecular characteristics. The complete genomic sequence was determined using a Sanger-based genome sequencing method and was subsequently characterized by phylogenetic analysis and genetic comparison. The results of this study showed that 8 genomic segments corresponded to an avian influenza virus that were related with strains isolated in Mexico. Investigation of the haemagglutinin gene revealed the presence of few basic amino acids at the cleavage site and lack of a potential N-glycosylation site at position 11. The gene encoding the PB1 protein lacked PB1-F2 and the basic polymerase gene codes for PA-X. In addition, the basic polymerase gene contained the consensus ribosomal frameshifting motif TCC TTT CGT C, which is required for the expression of the PA-X. Molecular characteristics showed that the virus has features of a low-pathogenic H5 influenza virus with the exception of a potential N-glycosylation site at position 11. The genome information for this particular virus will provide a molecular map for further in vivo studies to identify why some influenza viruses can persist in chickens for long periods of time. Such information will be useful in countries such as Mexico, where the virus has been a poultry health problem since 1994 and has the potential to evolve high pathogenicity MultipleEste estudio analizo el genoma de un virus de influenza aviar H5N2, aislado de heces de pollos tipo Leghorn y patos Pekin, infectados experimentalmente para conocer su origen y caracteristicas moleculares. La secuencia completa del genoma del virus se obtuvo por medio del metodo de secuenciacion de Sanger, una vez obtenida la secuencia, se caracterizo mediante comparacion genetica y analisis filogenetico. Los resultados del analisis mostraron que los ocho segmentos del genoma estan relacionados con virus aislados en Mexico. El analisis del gen de la hemoaglutinina revelo que codifica para pocos aminoacidos basicos en el sitio de corte y quiza carece de un sitio de glicosilacion en la posicion once. El gen que codifica para la proteina PB1 carece del fragmento PB1-F2, asi como en el gen de la PA se encuentra el fragmento PA-X. Tambien se observo, que el gen de la polimerasa contiene la secuencia consenso del ribosoma TCC TTT CGT C, requerida para la expresion de PA-X. Las caracteristicas moleculares demostraron que el virus corresponde a un virus de baja patogenicidad del subtipo H5 con excepcion del posible sitio once de glicosilacion. La informacion del genoma para esta cepa del virus, proveera un mapa molecular para futuros estudios in vivo que puedan contribuir a conocer por que algunos virus de influenza aviar persisten en los pollos por periodos prolongados. Esta informacion puede ser de utilidad en paises como Mexico, donde el virus ha estado en la avicultura desde 1994 y con el potencial de evolucionar a virus de alta patogenicidad.","PeriodicalId":49387,"journal":{"name":"Veterinaria Mexico","volume":"3 1","pages":"0-0"},"PeriodicalIF":0.2000,"publicationDate":"2016-06-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Análisis del genoma de un virus atípico de influenza aviar H5N2 de baja patogenicidad de origen mexicano\",\"authors\":\"G. Hernandez, Fernando Chávez Maya, Edith Rojas Anaya, E. L. Rubio, Gary García Espinosa\",\"doi\":\"10.21753/VMOA.3.2.363\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"espanolWe analysed the genome of a low-pathogenic avian H5N2 influenza virus isolated from the faeces of experimentally infected Pekin ducks and Leghorn-type chickens to determine its origin and molecular characteristics. 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摘要
我们分析了从实验感染的北京鸭和leghorn型鸡的粪便中分离的一种低致病性禽流感H5N2病毒的基因组,以确定其来源和分子特征。采用基于sanger的基因组测序方法确定了完整的基因组序列,随后进行了系统发育分析和遗传比较。这项研究的结果表明,8个基因组片段与一种与墨西哥分离的毒株相关的禽流感病毒相对应。对血凝素基因的研究显示,在切割位点上存在少量的碱性氨基酸,并且在11号位置上缺乏一个潜在的n -糖基化位点。编码PB1蛋白的基因缺乏PB1- f2,而基本聚合酶基因编码PA-X。此外,基本聚合酶基因含有共识核糖体移框基序TCC TTT CGT C,这是PA-X表达所必需的。分子特征表明,该病毒具有低致病性H5流感病毒的特征,但第11位可能存在n -糖基化位点。这种特殊病毒的基因组信息将为进一步的体内研究提供分子图谱,以确定为什么某些流感病毒可以在鸡体内长期存在。这些信息将对墨西哥等国家有用,这些国家自1994年以来该病毒一直是一个家禽健康问题,并且有可能演变成高致病性h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1 h5n1禽流感病毒,h5n1 h5n1禽流感病毒,h5n1 h5n1禽流感病毒,h5n1 h5n1禽流感病毒,h5n1 h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒,h5n1禽流感病毒。病毒全基因组序列分析(La sequencia complete del genoma del Sanger)是一种新型的基因组序列分析方法,是一种新型的基因组序列分析方法。结果分析:墨西哥病毒感染的主要原因是基因片段的遗传变异。分析了血凝素含量的变化规律,分析了血凝素含量的变化规律,分析了血凝素含量的变化规律和血凝素含量的变化规律。El genque codiica para proteina PB1为PB1- f2, El genque codiica para proteina PB1为PB1- f2, El genque codiica para proteina PA为PA- x。Tambien se observo, que el gen de la polimerasa大陆la secuencia consenso del核糖体TCC TTT CGT C,要求PA-X的para表达。这些特征分子与H5亚型病毒的低致病性相对应,但也有可能是H5亚型病毒。《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》、《关于病毒的基因信息》。通过对墨西哥养鸡业的研究,我们发现了1994年在养鸡业中发现的一种病毒,这种病毒具有潜在的进化能力和致病性。
Análisis del genoma de un virus atípico de influenza aviar H5N2 de baja patogenicidad de origen mexicano
espanolWe analysed the genome of a low-pathogenic avian H5N2 influenza virus isolated from the faeces of experimentally infected Pekin ducks and Leghorn-type chickens to determine its origin and molecular characteristics. The complete genomic sequence was determined using a Sanger-based genome sequencing method and was subsequently characterized by phylogenetic analysis and genetic comparison. The results of this study showed that 8 genomic segments corresponded to an avian influenza virus that were related with strains isolated in Mexico. Investigation of the haemagglutinin gene revealed the presence of few basic amino acids at the cleavage site and lack of a potential N-glycosylation site at position 11. The gene encoding the PB1 protein lacked PB1-F2 and the basic polymerase gene codes for PA-X. In addition, the basic polymerase gene contained the consensus ribosomal frameshifting motif TCC TTT CGT C, which is required for the expression of the PA-X. Molecular characteristics showed that the virus has features of a low-pathogenic H5 influenza virus with the exception of a potential N-glycosylation site at position 11. The genome information for this particular virus will provide a molecular map for further in vivo studies to identify why some influenza viruses can persist in chickens for long periods of time. Such information will be useful in countries such as Mexico, where the virus has been a poultry health problem since 1994 and has the potential to evolve high pathogenicity MultipleEste estudio analizo el genoma de un virus de influenza aviar H5N2, aislado de heces de pollos tipo Leghorn y patos Pekin, infectados experimentalmente para conocer su origen y caracteristicas moleculares. La secuencia completa del genoma del virus se obtuvo por medio del metodo de secuenciacion de Sanger, una vez obtenida la secuencia, se caracterizo mediante comparacion genetica y analisis filogenetico. Los resultados del analisis mostraron que los ocho segmentos del genoma estan relacionados con virus aislados en Mexico. El analisis del gen de la hemoaglutinina revelo que codifica para pocos aminoacidos basicos en el sitio de corte y quiza carece de un sitio de glicosilacion en la posicion once. El gen que codifica para la proteina PB1 carece del fragmento PB1-F2, asi como en el gen de la PA se encuentra el fragmento PA-X. Tambien se observo, que el gen de la polimerasa contiene la secuencia consenso del ribosoma TCC TTT CGT C, requerida para la expresion de PA-X. Las caracteristicas moleculares demostraron que el virus corresponde a un virus de baja patogenicidad del subtipo H5 con excepcion del posible sitio once de glicosilacion. La informacion del genoma para esta cepa del virus, proveera un mapa molecular para futuros estudios in vivo que puedan contribuir a conocer por que algunos virus de influenza aviar persisten en los pollos por periodos prolongados. Esta informacion puede ser de utilidad en paises como Mexico, donde el virus ha estado en la avicultura desde 1994 y con el potencial de evolucionar a virus de alta patogenicidad.
期刊介绍:
Veterinaria México OA (ISSN 2448-6760) is an online scientific journal edited by Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). The journal is Open Access and follows UNAM''s initiative, to transmit knowledge free of charge to the readership and authors, with no Article Processing Charges.
This journal publishes advances in Veterinary Sciences and Animal Production, and to reach more lectures across the world the journal was updated since 2014 from its predecessor printed in paper Veterinaria México (ISSN 0301-5092) and its digital version (ISSN 2007-5472).