福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)大肠癌组织DNA甲基化的评价

IF 0.2 Q4 ONCOLOGY

Revista Colombiana de Cancerologia Pub Date : 2021-02-03 DOI:10.35509/01239015.704

Jehison Alirio Herrera Pulido, Yenifer Yamile Segura Moreno, Wendy Johana Montero Ovalle, Vilma Lucía Medina Boada, Pablo Moreno Acosta, A. Romero-Rojas, M. S. Serrano López

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摘要

启动子区域CpG二核苷酸甲基化的改变是与癌症有关的表观遗传机制之一，具有潜在的生物标志物用途。由于部分降解、交联和获得的DNA数量低，从福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)评估其是一个主要的挑战。在本技术论文中，我们描述了一项研究K-RAS原癌基因远端启动子甲基化状态的方案，该方案来自两个11年的结直肠癌FFPE组织的多个样本。采用了一种替代通常的亚硫酸氢盐转换方案;采用改良的DNA聚合酶和嵌套PCR，优化了亚硫酸氢盐直接测序转化DNA。该方案可用于确定FFPE组织中其他基因和癌症类型的甲基化状态。

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Evaluación de la metilación del DNA en tejidos de cáncer colorrectal fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE)

Las alteraciones en la metilación de dinucleótidos CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en cáncer que tiene uso potencial como biomarcador. Su evaluación a partir de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE) representa un gran desafío dadas la degradación parcial, el entrecruzamiento y las bajas cantidades del DNA obtenido. En esta nota técnica describimos un protocolo para el estudio del estado de metilación del promotor distal del proto-oncogén K-RAS a partir de varias muestras obtenidas de dos tejidos FFPE de cáncer colorrectal con antigüedad de 11 años. Se empleó un protocolo de conversión con bisulfito alternativo al usual; se usó una DNA polimerasa modificada y una PCR anidada y se optimizó la secuenciación directa del DNA convertido con bisulfito. Este protocolo podría ser aplicado para determinar estados de metilación en otros genes y tipos de cáncer en tejidos FFPE.

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期刊介绍： The Revista Colombiana de Cancerología is an official publication of the Instituto Nacional de Colombia (INC). The Revista is published quarterly with the aim of broadening and disseminating knowledge in the field of oncology. The Revista publishes articles on: molecular carcinogenic mechanisms and treatment responses; cancer epidemiology; clinical features and treatment of neoplastic disease and public health campaigns to control cancer. Manuscripts which contain original material shall be accepted for possible publication. Neither the article nor any part of its contents (including statistical or graphic content) may have been published or submitted for publication in any media other than the Revista Colombiana de Cancerología. No acceptance shall be made of preliminary reports (abstracts or posters) presented at scientific meetings, neither of press releases on programmed meetings. All manuscript copies shall be placed at the disposition of the Journal Editorial Board. Under exceptional circumstances, secondary publications in Spanish or other languages may be submitted, provided they comply with certain conditions which justify said submission.