安蒂奥基亚马铃薯克里奥尔(Solanum phureja)培养物中马铃薯B病毒(PVB)的检测和分子特征

IF 0.5 4区 生物学 Q4 PLANT SCIENCES
Susana GIRALDO RAMÍREZ, Andrea Sierra Mejía, Maria Isabella OSPINA ORTIZ, Mónica HIGUITA VALENCIA, Yuliana Marcela Gallo García, P. G. Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya
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En este estudio utilizando técnicas moleculares como secuenciación de alto rendimiento (HTS) y RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR), a partir de muestras de tejido foliar de plantas procedentes de diferentes lotes de papa criolla en Antioquia (Colombia), se detectó por primera vez para el país la infección del Potato virus B (PVB), un nepovirus hasta ahora sólo registrado en Perú. Mediante análisis bioinformáticos fue posible el ensamblaje de la mayor parte del genoma de PVB, consistente de dos segmentos de 7.126 nt (ARN1) y 4.298 nt (ARN2) que codifican para dos poliproteínas (P1 y P2). Con las secuencias obtenidas se diseñaron primers específicos para la detección del PVB por RT-qPCR y RT-PCR convencional. Los resultados indicaron niveles medios de prevalencia (35%) del PVB en los cultivos de papa criolla evaluados y su ausencia en las 20 muestras evaluadas de S. tuberosum var. Diacol-Capiro. 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摘要

克里奥尔马铃薯(Solanum phureja Juz。它是哥伦比亚安第斯地区的主要农产品之一。它的种植主要发生在技术缺陷和产量低的小块土地上。病毒源性疾病是这种培养的主要限制因素之一,其中PYVV、PVS、PLRV和PVV病毒是最重要的。在哥伦比亚,人们对克里奥尔土豆病毒的认识还处于初级阶段。本研究使用分子技术作为高性能测序(HTS)和实时RT-PCR (RT-qPCR)说,他的组织样本来自不同批次的植物页马铃薯古德兰在哥伦比亚安蒂奥基亚省,为全国首次发现Potato B病毒感染(PVB)、一个nepovirus迄今只发生在秘鲁。通过生物信息学分析,PVB基因组的大部分可以组装,由两个7126 nt (ARN1)和4298 nt (ARN2)片段组成,编码两个多蛋白(P1和P2)。利用获得的序列设计了RT-qPCR和常规RT-PCR检测PVB的特异性引物。在本研究中,我们评估了20个马铃薯品种中PVB的平均流行水平(35%)和20个马铃薯品种中PVB的缺失。在哥伦比亚和其他安第斯国家,对PVB的流行病学监测是一项建议。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL POTATO VIRUS B (PVB) EN CULTIVOS DE PAPA CRIOLLA (Solanum phureja) EN ANTIOQUIA
La papa criolla (Solanum phureja Juz. & Bukasov) es uno de los principales productos agrícolas de la región Andina de Colombia. Su siembra ocurre principalmente en pequeñas parcelas con deficiencias técnicas y bajos rendimientos. Las enfermedades de origen viral son una de las principales limitantes de este cultivo, siendo los virus PYVV, PVS, PLRV y PVV algunos de los más importantes. El nivel de conocimiento que se tiene del viroma de la papa criolla en Colombia es incipiente. En este estudio utilizando técnicas moleculares como secuenciación de alto rendimiento (HTS) y RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR), a partir de muestras de tejido foliar de plantas procedentes de diferentes lotes de papa criolla en Antioquia (Colombia), se detectó por primera vez para el país la infección del Potato virus B (PVB), un nepovirus hasta ahora sólo registrado en Perú. Mediante análisis bioinformáticos fue posible el ensamblaje de la mayor parte del genoma de PVB, consistente de dos segmentos de 7.126 nt (ARN1) y 4.298 nt (ARN2) que codifican para dos poliproteínas (P1 y P2). Con las secuencias obtenidas se diseñaron primers específicos para la detección del PVB por RT-qPCR y RT-PCR convencional. Los resultados indicaron niveles medios de prevalencia (35%) del PVB en los cultivos de papa criolla evaluados y su ausencia en las 20 muestras evaluadas de S. tuberosum var. Diacol-Capiro. Con las técnicas aquí empleadas, se sugiere el establecimiento de un programa de seguimiento epidemiológico de PVB en Colombia y otros países andinos.
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Acta Biologica Colombiana
Acta Biologica Colombiana Agricultural and Biological Sciences-General Agricultural and Biological Sciences
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13 weeks
期刊介绍: The journal is published quarterly and divulges original and unpublished results of basic and applied research about biological subjects with special interest in Neotropical region. Manuscripts may be research articles, reviews, reflection articles or short notes. The Acta biol. Colomb Journal have a scientific and editorial board composed of expert researchers of in their areas of knowledge.
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GB/T 7714-2015
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