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La biología divide la naturaleza en una pluralidad de entidades individuales (como genes, células, virus, organismos, especies). El llamado problema de la individualidad biológica puede definirse por dos preguntas centrales. Una pregunta empírica destinada a explicar cómo y por qué una colección de entidades biológicas puede conformar un individuo y una pregunta ontológica que busca responder qué es un individuo biológico en general. En esta investigación abordaré la pregunta empírica desde una aproximación pluralista y epistémica. Argumentaré que la diversidad de criterios y prácticas utilizados por la biología para individuar la naturaleza no es un estado transitorio de la investigación científica y debería conservarse.