离子- 2+和Cd2+的结构和动力学,基于分子力学分子动力模拟(DM MM)

Crys Fajar Partana, S. Suwardi, A. Salim
{"title":"离子- 2+和Cd2+的结构和动力学,基于分子力学分子动力模拟(DM MM)","authors":"Crys Fajar Partana, S. Suwardi, A. Salim","doi":"10.21831/jsd.v8i2.38695","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Tubuh manusia sebagian besar (lebih dari 80%) terdiri atas zat cair, sehingga proses metabolisme dalam tubuh manusia melibatkan interaksi antara zat pelaru (solvent) dan zat terlarut (solute) baik dalam bentuk ion maupun senyawanya. Interaksi antara zat pelarut dengan zat terlarut dikenal dengan istilah solvasi, sedangkan interaksi zat terlarut dengan air dikenal dengan nama hidrasiSolvasi Zn dan Cd diamati dengan melakukan simulasi dinamika molekul mekanika molekul (DM MM). Himpunan basis yang digunakan adalah lanl2dz untuik atom Zn dan Cd, sedangkan untuk molekul air digunakan yang himpunan basis DZP Dunning. Simulasi dilakukan berdasarkan potensial pasangan dan potensial badan tiga. Masing masing simulasi Zn dan Cd dilakukan dengan cara mencampurkan 1 atom Cd dan Zn dengan 499 molekul H2O. Hasil simulasi berupa data trajectory diolah lebih lanjut untuk mengetahui struktur dan dinamika hidrasinya. Hasil analisis RDF menunjukan bahwa jarak atom Zn dan atom O (air) rata-rata adalah 2,18 A, sedangkan jarak rata-rata atom Cd dengan O sebesar 2,27 A. Berdasarkan analisis CND distribusi bilangan koordinasi ditemukan bahwa bilangan koordinasi solvasi Cd dan Zn dalam air sama yaitu 6, membentuk strukur molekul oktahedral. Waktu tinggal ligan (air) di sekitar ion berdasarkan analisis dinamika molekul memperlihatkan bahwa solvasi Zn dengan air lebih labil dibanding dengan solvasi ion Cd2+.","PeriodicalId":31255,"journal":{"name":"Jurnal Sains Dasar","volume":" ","pages":""},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2019-10-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Struktur dan Dinamika Hidrasi Ion Zn2+ dan Cd2+ Berdasarkan Simulasi Dinamika Molekul Mekanika Molekul (DM MM)\",\"authors\":\"Crys Fajar Partana, S. Suwardi, A. Salim\",\"doi\":\"10.21831/jsd.v8i2.38695\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Tubuh manusia sebagian besar (lebih dari 80%) terdiri atas zat cair, sehingga proses metabolisme dalam tubuh manusia melibatkan interaksi antara zat pelaru (solvent) dan zat terlarut (solute) baik dalam bentuk ion maupun senyawanya. Interaksi antara zat pelarut dengan zat terlarut dikenal dengan istilah solvasi, sedangkan interaksi zat terlarut dengan air dikenal dengan nama hidrasiSolvasi Zn dan Cd diamati dengan melakukan simulasi dinamika molekul mekanika molekul (DM MM). Himpunan basis yang digunakan adalah lanl2dz untuik atom Zn dan Cd, sedangkan untuk molekul air digunakan yang himpunan basis DZP Dunning. Simulasi dilakukan berdasarkan potensial pasangan dan potensial badan tiga. Masing masing simulasi Zn dan Cd dilakukan dengan cara mencampurkan 1 atom Cd dan Zn dengan 499 molekul H2O. Hasil simulasi berupa data trajectory diolah lebih lanjut untuk mengetahui struktur dan dinamika hidrasinya. Hasil analisis RDF menunjukan bahwa jarak atom Zn dan atom O (air) rata-rata adalah 2,18 A, sedangkan jarak rata-rata atom Cd dengan O sebesar 2,27 A. Berdasarkan analisis CND distribusi bilangan koordinasi ditemukan bahwa bilangan koordinasi solvasi Cd dan Zn dalam air sama yaitu 6, membentuk strukur molekul oktahedral. Waktu tinggal ligan (air) di sekitar ion berdasarkan analisis dinamika molekul memperlihatkan bahwa solvasi Zn dengan air lebih labil dibanding dengan solvasi ion Cd2+.\",\"PeriodicalId\":31255,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Sains Dasar\",\"volume\":\" \",\"pages\":\"\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2019-10-15\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Sains Dasar\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.21831/jsd.v8i2.38695\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Sains Dasar","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.21831/jsd.v8i2.38695","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

人体主要(超过80%)是由液体组成的,因此人体代谢过程涉及溶剂和溶解因子(溶剂)在离子和化合物中的相互作用。溶剂和溶剂之间的相互作用被称为溶剂,而水溶解物质的相互作用被称为Zn液态水和Cd,通过进行分子力学分子动力学(DM MM)的模拟来观察观察。使用的子集是二极管原子Zn和Cd,而用于水分子的则是DZP Dunning编译器。模拟是基于潜在的伴侣和潜在的三号机构进行的。每一个模拟Zn和Cd都是通过将1个原子和Zn与499个H2O分子混合而成的。对比轨迹数据进行进一步分析,以确定脱水的结构和动力学。研究结果显示,Zn和O(水)原子的平均距离为2.18 A,而Cd的平均距离为2.27 A。根据对坐标分布的CND分析,发现Cd和Zn在水中的协调一致等于6,形成八面体分子结构。根据分子动力学分析,离子周围的配水时间表明,Zn与水的接触比Cd2+离子的接触更不稳定。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
Struktur dan Dinamika Hidrasi Ion Zn2+ dan Cd2+ Berdasarkan Simulasi Dinamika Molekul Mekanika Molekul (DM MM)
Tubuh manusia sebagian besar (lebih dari 80%) terdiri atas zat cair, sehingga proses metabolisme dalam tubuh manusia melibatkan interaksi antara zat pelaru (solvent) dan zat terlarut (solute) baik dalam bentuk ion maupun senyawanya. Interaksi antara zat pelarut dengan zat terlarut dikenal dengan istilah solvasi, sedangkan interaksi zat terlarut dengan air dikenal dengan nama hidrasiSolvasi Zn dan Cd diamati dengan melakukan simulasi dinamika molekul mekanika molekul (DM MM). Himpunan basis yang digunakan adalah lanl2dz untuik atom Zn dan Cd, sedangkan untuk molekul air digunakan yang himpunan basis DZP Dunning. Simulasi dilakukan berdasarkan potensial pasangan dan potensial badan tiga. Masing masing simulasi Zn dan Cd dilakukan dengan cara mencampurkan 1 atom Cd dan Zn dengan 499 molekul H2O. Hasil simulasi berupa data trajectory diolah lebih lanjut untuk mengetahui struktur dan dinamika hidrasinya. Hasil analisis RDF menunjukan bahwa jarak atom Zn dan atom O (air) rata-rata adalah 2,18 A, sedangkan jarak rata-rata atom Cd dengan O sebesar 2,27 A. Berdasarkan analisis CND distribusi bilangan koordinasi ditemukan bahwa bilangan koordinasi solvasi Cd dan Zn dalam air sama yaitu 6, membentuk strukur molekul oktahedral. Waktu tinggal ligan (air) di sekitar ion berdasarkan analisis dinamika molekul memperlihatkan bahwa solvasi Zn dengan air lebih labil dibanding dengan solvasi ion Cd2+.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
8
审稿时长
4 weeks
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
确定
请完成安全验证×
copy
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
右上角分享
点击右上角分享
0
联系我们:info@booksci.cn Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。 Copyright © 2023 布克学术 All rights reserved.
京ICP备2023020795号-1
ghs 京公网安备 11010802042870号
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术官方微信