Polimorfisme Gen Aquaporin-3 dan Pengaruhnya Terhadap Ikatan dengan Ligand Uji Secara In Silico

Perubahan kode genetik dapat menjadi pemicu perubahan fungsi protein yang dihasilkannya. Perubahan genetik yang umum terjadi berupa single nucleotide polymorphism (SNP) seperti pada gen kelompok aquaporin (AQPs) yang berperan penting untuk menjaga kelembapan dan elastisitas epidermis kulit. Penelitian ini bertujuan menganalisis pengaruh mutasi pada salah satu kelompok protein AQPs yaitu aquaporin 3 (AQP3) secara in silico. Materi penelitian berupa data sequence dan struktur 3D AQP3 wild-type dan AQP3 mutant yang diunduh dari protein data bank (pdb id 1FX8 dan 1LDF). Kedua sequence ini disejajarkan dengan metode “ClustalW” untuk mengamati posisi mutasi, sedangkan struktur 3D keduanya juga disejajarkan menggunakan metode “Aligment” untuk mengamati perubahan daerah “site binding” native ligand. Dampak perubahan konformasi AQP3 mutant juga diamati terhadap beberapa senyawa sebagai ligand uji yang diketahui bekerja mendukung fungsi protein AQP3 seperti asiatic acid, madecassic acid, asiaticoside, dan alpha-retinoic acid melalui metode docking molekuler. Hasil pensejajaran sequence menunjukkan mutasi terjadi pada urutan residu ke-48 (tryptophan-phenil alanin) dan ke-200 (phenil alanin-threonine). Mutasi kedua residu menyebabkan terjadinya perubahan model interaksi semua ligand uji dibanding AQP3 tipe normal. Mutasi juga menyebabkan penurunan stabilitas AQP3. Namun, sebaliknya tidak menyebabkan fungsi AQP3 berubah tetapi hanya menurunkan kemampuan pengikatan molekul native ligand yang berimplikasi pada penurunan kemampuan pengikatan molekul air, gliserol dan ligan uji.