不同pcr检测亨氏巴尔通体DNA的敏感性比较

Marina Rovani Drummond, Paulo Eduardo Neves Ferreira Velho
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Foram utilizadas cinco reações moleculares (PCR convencional, PCR nested, qPCR qualitativo com SyBr e qPCRs com sonda de hidrólise para duas regiões diferentes) para detectar B. henselae em amostras de DNA extraídas de sangue, soro e cultura líquida (CL), infectadas em concentrações de 106 a 100 UFC de B. henselae/mL, a partir de três cepas diferentes de referência e os respectivos controles. Todas as amostras foram processadas em triplicata. Não houve detecção do DNA da bactéria em nenhuma amostra controle e houve detecção em todas reações de todas as amostras nas concentrações de 106 e 105. Na concentração de 104, as amostras de uma das três cepas já apresentaram reações falso-negativas em ao menos uma das triplicatas, exceto quando utilizado qPCR com sonda para o gene nuoG. Na concentração de 103 qualquer cepa já poderia ser falsamente considerada sem infecção nas amostras de CL (apenas 13 das 45 reações foram positivas). Nas concentrações 102 a 100, os resultados falso negativos predominaram em todas as amostras. Na concentração 100 apenas 3 das 135 PCRs realizadas foram positivas. As amostras de CL foram a menos sensíveis, possivelmente por causa do efeito de diluição e do não crescimento das bactérias fastidiosas. A maior quantidade de amplificações foi com a PCR convencional do soro e a menor na PCR nested de CL. As qPCRs tiveram desempenho similar, portanto a melhor escolha levando-se em consideração o custo-benefício seria a PCR com SyBr. O diagnóstico das bartoneloses não pode ser baseado apenas em uma reação molecular de triagem, pois houve muitas reações falso-negativas nas amostras com menores concentrações de B. henselae. Os resultados obtidos neste experimento demonstram a dificuldade do diagnóstico molecular desta bactéria. 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摘要

巴尔通体是革兰氏阴性的,很难培养。人类感染可能是致命的,其临床表现非常不同,很少作为鉴别诊断而被记住。目前没有足够的方法来诊断感染,特别是在免疫能力强的低菌血症患者(约102菌落形成单位(cfu)/mL血液)。评价不同pcr检测亨氏巴尔通体的敏感性。使用常规的五种反应(PCR分子nested PCR定性,qPCR SyBr和qPCRs水解两个地区不同)来检测探头b henselae血液中提取的DNA样本,液液体培养(CL)从106年到100年,感染浓度乙henselae /毫升,从三个不同的菌株及其控制的参考。所有样品一式三份处理。在任何对照样品中均未检测到细菌DNA,在浓度为106和105的所有样品的所有反应中均检测到细菌DNA。在104浓度下,三株菌株中的一株至少在三次重复中出现假阴性反应,除非使用nuoG基因探针qPCR。在103浓度下,任何菌株都可以被错误地认为在CL样本中没有感染(45个反应中只有13个呈阳性)。在浓度102 ~ 100时,假阴性结果在所有样本中占主导地位。在100浓度下,135个crp中只有3个呈阳性。CL样品的敏感性最低,可能是由于稀释效应和不生长挑剔的细菌。常规血清PCR扩增量最高,CL巢式PCR扩增量最低。qpcr具有相似的性能,因此考虑到成本效益,最好的选择是SyBr PCR。巴尔通体病的诊断不能仅仅基于分子筛选反应,因为在低浓度的亨氏杆菌样本中有许多假阴性反应。实验结果表明,对该细菌进行分子诊断是困难的。迫切需要对这些被忽视的疾病进行更敏感和负担得起的诊断测试。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
COMPARAÇÃO DA SENSIBILIDADE DE DIFERENTES PCRS PARA A DETECÇÃO DO DNA DE BARTONELLA HENSELAE
As Bartonella spp. São gram-negativos de cultivo muito difícil. A infecção em humanos é potencialmente fatal, muito diversa em suas manifestações clínicas e raramente lembrada como diagnóstico diferencial. Nenhum método disponível atualmente tem sensibilidade suficiente para diagnosticar a infecção, sobretudo em pacientes imunocompetentes que apresentam baixa bacteremia (em torno de 102 unidades formadoras de colônias (UFC)/mL de sangue). Avaliar a sensibilidade de diferentes PCRs na detecção de Bartonella henselae. Foram utilizadas cinco reações moleculares (PCR convencional, PCR nested, qPCR qualitativo com SyBr e qPCRs com sonda de hidrólise para duas regiões diferentes) para detectar B. henselae em amostras de DNA extraídas de sangue, soro e cultura líquida (CL), infectadas em concentrações de 106 a 100 UFC de B. henselae/mL, a partir de três cepas diferentes de referência e os respectivos controles. Todas as amostras foram processadas em triplicata. Não houve detecção do DNA da bactéria em nenhuma amostra controle e houve detecção em todas reações de todas as amostras nas concentrações de 106 e 105. Na concentração de 104, as amostras de uma das três cepas já apresentaram reações falso-negativas em ao menos uma das triplicatas, exceto quando utilizado qPCR com sonda para o gene nuoG. Na concentração de 103 qualquer cepa já poderia ser falsamente considerada sem infecção nas amostras de CL (apenas 13 das 45 reações foram positivas). Nas concentrações 102 a 100, os resultados falso negativos predominaram em todas as amostras. Na concentração 100 apenas 3 das 135 PCRs realizadas foram positivas. As amostras de CL foram a menos sensíveis, possivelmente por causa do efeito de diluição e do não crescimento das bactérias fastidiosas. A maior quantidade de amplificações foi com a PCR convencional do soro e a menor na PCR nested de CL. As qPCRs tiveram desempenho similar, portanto a melhor escolha levando-se em consideração o custo-benefício seria a PCR com SyBr. O diagnóstico das bartoneloses não pode ser baseado apenas em uma reação molecular de triagem, pois houve muitas reações falso-negativas nas amostras com menores concentrações de B. henselae. Os resultados obtidos neste experimento demonstram a dificuldade do diagnóstico molecular desta bactéria. Estudos sobre testes diagnósticos mais sensíveis e acessíveis para estas doenças negligenciadas são urgentes.
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