2021 - 2023年在亚马逊地区流行的甲型流感病毒株的遗传多样性:疫苗相容性分析

Amanda Mendes Silva Cruz, Edivaldo Costa Sousa Júnior, Luana Soares Barbagelata, Wanderley Dias das Chagas Júnior, Delana Andreza Melo Bezerra, Ágatha Monike Silva Nunes, Walter André Júnior, Kátia Cristina de Lima Furtado, Francy Anny Ribeiro Monteiro Mariscal, Andreia Santos Costa, Luisa Tajuja Rocha, Fernando Tavares, Mirleide Cordeiro dos Santos
{"title":"2021 - 2023年在亚马逊地区流行的甲型流感病毒株的遗传多样性:疫苗相容性分析","authors":"Amanda Mendes Silva Cruz, Edivaldo Costa Sousa Júnior, Luana Soares Barbagelata, Wanderley Dias das Chagas Júnior, Delana Andreza Melo Bezerra, Ágatha Monike Silva Nunes, Walter André Júnior, Kátia Cristina de Lima Furtado, Francy Anny Ribeiro Monteiro Mariscal, Andreia Santos Costa, Luisa Tajuja Rocha, Fernando Tavares, Mirleide Cordeiro dos Santos","doi":"10.1016/j.bjid.2023.103148","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Anualmente a Organização Mundial da Saúde (OMS), verifica a necessidade de atualização da composição da vacina antigripal, devido à alta variabilidade dos vírus influenza, baseando-se nos dados capitados pela Rede Global de Vigilância de Influenza. Nesse contexto, objetivamos por meio da caracterização genética, investigar compatibilidade das cepas de vírus influenza A circulantes na região Amazônica no período de janeiro de 2021 a maio de 2023 com as cepas vacinais preconizadas neste período. Foram selecionadas 354 amostras positivas, de modo que houvesse representatividade geográfica e temporal, para realização do sequenciamento de genoma completo por amplicons utilizando a plataforma MiSeq illumina. As sequências de nucleotídeos obtidas foram comparadas com as sequencias das cepas vacinais preconizadas para os Hemisférios Norte e Sul dos anos de 2021-2023. Dentre os 354 genomas de influenza A analisados, 194 (55%) foram do subtipo A/H1N1pdm09 e 160 (45%) A/H3N2. Quanto as cepas de A/H3N2, 76 (47,5%) foram coletados em 2021, 82 (51,25%) em 2022 e duas (1,25%) em 2023. A análise filogenética mostrou que os genomas de A/H3N2 pertenciam a cinco clados distintos, são eles: 2a.1b (n = 1); 2a.2a (n = 5); 2a.3 (n = 18); 2a.2b (n = 20); e 2a.2 (n = 116). 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摘要

每年,世界卫生组织(世卫组织)都会根据全球流感监测网络收集的数据,确认有必要更新流感疫苗的成分,因为流感病毒的高变异性。在此背景下,我们的目标是通过遗传特征,调查2021年1月至2023年5月在亚马逊地区流行的甲型流感病毒株与该时期推荐的疫苗株的相容性。选取354份具有地理和时间代表性的阳性样本,利用MiSeq illumina平台进行全基因组扩增测序。获得的核苷酸序列与2021-2023年北半球和南半球推荐的疫苗株序列进行了比较。在354个甲型流感基因组中,194个(55%)为A/H1N1pdm09亚型,160个(45%)为A/H3N2亚型。2021年采集A/H3N2株76株(47.5%),2022年采集82株(51.25%),2023年采集2株(1.25%)。系统发育分析表明,A/H3N2基因组属于5个不同的分支:2a。1b (n = 1);2 a。2a (n = 5);2) 3(n = 18);2 a。2b (n = 20);和两个2(n = 116)。所有疫苗株在基因上都与2021年季节推荐的A/HongKong/2671/2019疫苗株不同,但在基因上与南半球2022年和2023年季节确定的A/Darwin/6/2021-like疫苗株兼容。在A(H1N1)pdm09株中,2023年采集182株(94%),2022年采集12株(6%)。在分析期间,观察到分支6B.1A.5a的共循环。2a (n = 112)和分支6B.1A.5a.2a.1(n = 82)。2022年传播的大多数毒株(72.7%)在基因上与南半球2022年季节推荐的疫苗毒株A/Victoria/2570/2019有关。截至2023年5月,60%的流行病毒在基因上与南半球可用的a /Sydney/5/2021疫苗株有关,但40%与北半球2022/2023季节建立的a /Wisconsin/588/2019疫苗株有关。由于流感病毒的高遗传变异,观察到疫苗与流行病毒之间的不相容事件,由于交叉保护有限,可能导致与疾病相关的额外负担。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
DIVERSIDADE GENÉTICA DAS CEPAS DE VÍRUS INFLUENZA A CIRCULANTES NA REGIÃO AMAZÔNICA NOS ANOS DE 2021 A 2023: UMA ANÁLISE DA COMPATIBILIDADE VACINAL
Anualmente a Organização Mundial da Saúde (OMS), verifica a necessidade de atualização da composição da vacina antigripal, devido à alta variabilidade dos vírus influenza, baseando-se nos dados capitados pela Rede Global de Vigilância de Influenza. Nesse contexto, objetivamos por meio da caracterização genética, investigar compatibilidade das cepas de vírus influenza A circulantes na região Amazônica no período de janeiro de 2021 a maio de 2023 com as cepas vacinais preconizadas neste período. Foram selecionadas 354 amostras positivas, de modo que houvesse representatividade geográfica e temporal, para realização do sequenciamento de genoma completo por amplicons utilizando a plataforma MiSeq illumina. As sequências de nucleotídeos obtidas foram comparadas com as sequencias das cepas vacinais preconizadas para os Hemisférios Norte e Sul dos anos de 2021-2023. Dentre os 354 genomas de influenza A analisados, 194 (55%) foram do subtipo A/H1N1pdm09 e 160 (45%) A/H3N2. Quanto as cepas de A/H3N2, 76 (47,5%) foram coletados em 2021, 82 (51,25%) em 2022 e duas (1,25%) em 2023. A análise filogenética mostrou que os genomas de A/H3N2 pertenciam a cinco clados distintos, são eles: 2a.1b (n = 1); 2a.2a (n = 5); 2a.3 (n = 18); 2a.2b (n = 20); e 2a.2 (n = 116). Todos geneticamente divergentes da cepa vacinal A/HongKong/2671/2019 preconizada para a temporada de 2021, mas geneticamente compatível com a cepa vacinal A/Darwin/6/2021-like, estabelecida para as temporadas de 2022 e 2023 do hemisfério sul. Em relação as cepas de A(H1N1)pdm09, 182 (94%) foram coletadas no ano de 2023 e 12 (6%) em 2022. No período analisado, observou-se a co-circulação do clado 6B.1A.5a.2a (n = 112) e clado 6B.1A.5a.2a.1 (n = 82). A maioria das cepas circulantes (72,7%) em 2022 eram geneticamente relacionadas com a cepa vacinal A/Victoria/2570/2019 preconizada para a temporada de 2022 do hemisfério Sul. Até maio de 2023, 60% dos vírus circulantes são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Sydney/5/2021 disponível para o hemisfério sul, porém 40% são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Wisconsin/588/2019, estabelecida para a temporada 2022/2023 do hemisfério Norte. Como consequência da alta variabilidade genética dos vírus influenza, os eventos de incompatibilidade entre a vacina e os vírus circulantes são observados e podem contribuir para uma carga adicional relacionada à doença devido à limitada proteção cruzada.
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