非结核分枝杆菌:巴西南部一家三级医院的流行率研究

William Latosinski Matos, Patricia Orlandi Barth, Alessandra Helena da Silva Hellwig, Grazielle Motta Rodrigues, Luciana Giordani, Denise Maria Cunha Willers, Viviane Horn de Melo, Juliana Bergmann, Maria Cristina de Oliveira Amaro Ritter, Claire Beatriz Soares, Dariane Castro Pereira, Rodrigo Minuto Paiva, Afonso Luis Barth
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Foi realizado um estudo retrospectivo de janeiro a dezembro de 2022. Os isolados foram identificados por MALDI-TOF VITEK® MS (bioMérieux, França), e o sequenciamento do gene hsp65 foi realizado pela técnica de Sanger. A identificação foi feita por comparação da sequência obtida com sequências depositadas no GenBank®. Além disso, foi realizada avaliação interlaboratorial. No período do estudo, foram realizadas 2415 culturas de micobactérias, provenientes de 1845 pacientes. Desses, 6,45% (n = 119) dos pacientes apresentaram cultura positiva para micobactérias, entre as quais 29% (n = 35) foram positivas para MNT. 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MNT são patógenos oportunistas e a identificação rápida e precisa a nível de espécie é uma etapa importante para o sucesso do tratamento. 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摘要

非结核分枝杆菌(MNT)是一种普遍存在的微生物,可引起多种感染,特别是肺部感染和免疫功能低下的患者。研究表明,近几十年来,这些微生物的感染有所增加:美国的估计流行率从1980年的2.4例/10万增加到2013年的15.2例/10万。本研究的目的是评估我们机构的ntm流行病学,并评估部分hsp65基因测序在ntm物种鉴定中的性能。我们在2022年1月至12月进行了一项回顾性研究。采用MALDI-TOF VITEK®MS (biomerieux, france)鉴定分离株,采用Sanger技术对hsp65基因进行测序。通过将获得的序列与保存在GenBank®中的序列进行比较进行鉴定。此外,还进行了实验室间评价。在研究期间,对1845例患者进行了2415次分枝杆菌培养。其中6.45% (n = 119)的患者分枝杆菌培养阳性,29% (n = 35) MNT培养阳性。作物的MNT大多是呼吸道(97%)和材料最常见的物种分别是:m gordonae (n = 10)、复杂abscessus (n = 8)、复杂chelonae (n = 4) .鸟型分枝(4例)、复杂kansasii (n = 2) . m fortuitum (n = 2),只有1 m: m . cosmeticum celatum物种。lentiflavum mucogenicum和m . scrofulaceum . .为评价hsp65基因,对高氏分枝杆菌、kansasii分枝杆菌、脓肿分枝杆菌复合体、结核分枝杆菌复合体H37rv株和黏液分枝杆菌进行了重复培养。分析后,除黏液分枝杆菌样本的相似性为96%外,所有样本与GenBank®序列的相似性均为100%。然而,在实验室间的评价和与MALDI-TOF结果的比较中,一致性为100%。ntm是条件致病菌,在物种水平上快速准确的鉴定是成功治疗的重要步骤。hsp65基因的使用似乎很有希望,然而,其他物种,特别是在我们机构中最普遍的物种,应该进行评估,以便将该试验纳入测试组合。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
MICOBACTÉRIAS NÃO-TUBERCULOSAS: ESTUDO DE PREVALÊNCIA EM UM HOSPITAL TERCIÁRIO NO SUL DO BRASIL
Micobactérias não-tuberculosas (MNT) são microrganismos ubíquos mas que podem causar uma série de infecções, principalmente pulmonares e em pacientes imunocomprometidos. Estudos sugerem que infecções por estes microrganismos têm aumentado nas últimas décadas: a prevalência estimada passou de 2,4 casos/100.000 em 1980 para 15,2 casos/100.000 em 2013 nos EUA. O objetivo deste estudo foi avaliar a epidemiologia das MNT em nossa instituição, bem como avaliar a performance do sequenciamento parcial do gene hsp65 para identificação das espécies de MNT. Foi realizado um estudo retrospectivo de janeiro a dezembro de 2022. Os isolados foram identificados por MALDI-TOF VITEK® MS (bioMérieux, França), e o sequenciamento do gene hsp65 foi realizado pela técnica de Sanger. A identificação foi feita por comparação da sequência obtida com sequências depositadas no GenBank®. Além disso, foi realizada avaliação interlaboratorial. No período do estudo, foram realizadas 2415 culturas de micobactérias, provenientes de 1845 pacientes. Desses, 6,45% (n = 119) dos pacientes apresentaram cultura positiva para micobactérias, entre as quais 29% (n = 35) foram positivas para MNT. As culturas positivas para MNT foram majoritariamente de material respiratório (97%) e as espécies mais frequentes foram, respectivamente: M. gordonae (n = 10), Complexo M. abscessus (n = 8), M. chelonae (n = 4), Complexo M. avium (n = 4), M. kansasii (n = 2), Complexo M. fortuitum (n = 2), e apenas 1 das espécies: M. cosmeticum, M. celatum, M. lentiflavum, M. mucogenicum e M. scrofulaceum. Para avaliação do gene hsp65, foram testadas amostras em duplicata de culturas positivas para M. gordonae, M. kansasii, Complexo M. abscessus, Complexo M. tuberculosis cepa H37rv e Mycolicibacterium mucogenicum. Após as análises, todas as amostras apresentaram similaridade de 100% quando comparadas com sequências no GenBank®, com exceção da amostra de Mycolicibacterium mucogenicum que apresentou similaridade de 96%. Todavia, na avaliação interlaboratorial e na comparação com os resultados obtidos no MALDI-TOF a concordância obtida foi de 100%. MNT são patógenos oportunistas e a identificação rápida e precisa a nível de espécie é uma etapa importante para o sucesso do tratamento. A utilização do gene hsp65 apresentou-se promissora, entretanto, demais espécies, sobretudo as mais prevalentes na nossa instituição, devem ser avaliadas visando a inclusão do ensaio no portfólio de exames.
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