琥珀琥珀支持计划的发展。

Journal of Chemical Software Pub Date : 1900-01-01 DOI:10.2477/JCHEMSOFT.5.39

Takeshi Uno, Haruhisa Hayashi, K. Yamana, H. Nakano

{"title":"琥珀琥珀支持计划的发展。","authors":"Takeshi Uno, Haruhisa Hayashi, K. Yamana, H. Nakano","doi":"10.2477/JCHEMSOFT.5.39","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし，分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ，AMBERの実行支援プログラムを作成した．本プログラムには，AMBERの入力ファイル作成支援，計算する分子の初期構造作成，そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として，アニメーションなどの機能がある．本プログラムは，ワークステーション上で作動し，OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため，殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている．そして本プログラムを用い，糖部２'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した．","PeriodicalId":205210,"journal":{"name":"Journal of Chemical Software","volume":"52 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"1900-01-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"4","resultStr":"{\"title\":\"Development of Support Program for AMBER.\",\"authors\":\"Takeshi Uno, Haruhisa Hayashi, K. Yamana, H. Nakano\",\"doi\":\"10.2477/JCHEMSOFT.5.39\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし，分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ，AMBERの実行支援プログラムを作成した．本プログラムには，AMBERの入力ファイル作成支援，計算する分子の初期構造作成，そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として，アニメーションなどの機能がある．本プログラムは，ワークステーション上で作動し，OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため，殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている．そして本プログラムを用い，糖部２'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した．\",\"PeriodicalId\":205210,\"journal\":{\"name\":\"Journal of Chemical Software\",\"volume\":\"52 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"1900-01-01\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"4\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Journal of Chemical Software\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.39\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Journal of Chemical Software","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.2477/JCHEMSOFT.5.39","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 4

摘要

以蛋白质立体结构显示程序modust - p为基础，制作了在分子设计中广泛使用的面向生物大分子的分子动力学计算封装以及AMBER的执行支援程序。该程序具有AMBER输入文件制作支援、计算分子的初始结构制作、作为分子动力学模拟结果的数据处理功能，具有动画等功能。由于本程序是在工作站上运行，完全不使用OPENLOOK等X工具包，可以在大部分工作站或FreeBSD等安装PC-UINX的个人计算机上使用。然后利用本程序对糖部2’位进行化学修饰后的DNA结构进行了分子动力学模拟。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

查看原文本刊更多论文

Development of Support Program for AMBER.

タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし，分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ，AMBERの実行支援プログラムを作成した．本プログラムには，AMBERの入力ファイル作成支援，計算する分子の初期構造作成，そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として，アニメーションなどの機能がある．本プログラムは，ワークステーション上で作動し，OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため，殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている．そして本プログラムを用い，糖部２'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した．

求助全文

通过发布文献求助，成功后即可免费获取论文全文。去求助

来源期刊

Journal of Chemical Software

自引率

0.00%

发文量