M. I. Pyatkov, A. Zaytsev, M. Olshevets, N. S. Fialko
{"title":"准一维分子链中电荷转移模型在混合超级计算机上部分自动化计算的实现","authors":"M. I. Pyatkov, A. Zaytsev, M. Olshevets, N. S. Fialko","doi":"10.17537/ICMBB18.66","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Точность средних зависит от числа реализаций K как K . Для решения таких задач за разумные времена требуются гибридные супер-ЭВМ. При проведении расчетов на кластере в суперкомпьютерном центре коллективного пользования появляются технические проблемы, связанные с политикой администрирования кластера, которые требуют постоянного внимания исследователя. В работе описана частичная автоматизация расчетов на гибридных супер-ЭВМ. Показана эффективность разработанных процедур при моделировании переноса заряда в биополимерах в широком диапазоне температур термостата. Разработанный комплекс программ применяется для серийных расчетов при исследованиях переноса заряда в ДНК на гибридных вычислительных комплексах K-60 и K-100 в ИПМ им. М.В. Келдыша РАН.","PeriodicalId":168323,"journal":{"name":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","volume":"31 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-11-07","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Implementation of partially automated calculations on hybrid supercomputers in the modelling of charge transfer in quasi-one-dimensional molecular chains\",\"authors\":\"M. I. Pyatkov, A. Zaytsev, M. Olshevets, N. S. Fialko\",\"doi\":\"10.17537/ICMBB18.66\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Точность средних зависит от числа реализаций K как K . Для решения таких задач за разумные времена требуются гибридные супер-ЭВМ. При проведении расчетов на кластере в суперкомпьютерном центре коллективного пользования появляются технические проблемы, связанные с политикой администрирования кластера, которые требуют постоянного внимания исследователя. В работе описана частичная автоматизация расчетов на гибридных супер-ЭВМ. Показана эффективность разработанных процедур при моделировании переноса заряда в биополимерах в широком диапазоне температур термостата. Разработанный комплекс программ применяется для серийных расчетов при исследованиях переноса заряда в ДНК на гибридных вычислительных комплексах K-60 и K-100 в ИПМ им. М.В. Келдыша РАН.\",\"PeriodicalId\":168323,\"journal\":{\"name\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"volume\":\"31 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2018-11-07\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.66\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.66","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
Implementation of partially automated calculations on hybrid supercomputers in the modelling of charge transfer in quasi-one-dimensional molecular chains
Точность средних зависит от числа реализаций K как K . Для решения таких задач за разумные времена требуются гибридные супер-ЭВМ. При проведении расчетов на кластере в суперкомпьютерном центре коллективного пользования появляются технические проблемы, связанные с политикой администрирования кластера, которые требуют постоянного внимания исследователя. В работе описана частичная автоматизация расчетов на гибридных супер-ЭВМ. Показана эффективность разработанных процедур при моделировании переноса заряда в биополимерах в широком диапазоне температур термостата. Разработанный комплекс программ применяется для серийных расчетов при исследованиях переноса заряда в ДНК на гибридных вычислительных комплексах K-60 и K-100 в ИПМ им. М.В. Келдыша РАН.